最好的 生物信息學 為 Linux

Ghemical是在GNU GPL下發布的計算化學軟件。這意味著，包完整的源代碼可用，並且用戶可以自由地研究和修改程序包。 Ghemical是用C ++編寫。Ghemical項目具有圖形用戶界面（這是基於GNOME），並且支持量子力學（半經驗和從頭）模型和分子力學模型（還有一個實驗榮譽學位5.2樣力場有機molecu也為減少蛋白質的模型[1]的一個工具是包括在內。幾何優化，分子動力學和一大組的可視化工具目前已經上市。Ghemical依靠外部碼以提供量子力學計算。半經驗方法MNDO，MINDO /...

massXpert質譜包是線性的（生物）聚合物質譜環境。它繼承了GNU polyxmass的所有的創新，因為它是一個項目一個跨平台開發環境的端口 什麼在此版本中是新的： 的XpertMiner模塊的改進，使處理列表更容易; 計算一個大的聚合物與低分辨率...峰形不會在重心平均價值為中心。的同位素簇時，這似乎修正錯誤的計算由一個全光譜模擬功能，它允許一個來計算譜（任選地與所有的同位素簇）通過給定的聚合物的裂解得到的低聚物的列表的基礎上; 同上，但計算了一組從化學式啟動M / z比後;...

CWC模擬器是一個C ++實現化學武器公約，一個微積分的代表性和模擬生物系統＆NBSP的;安裝成功後（請參閱安裝），你就可以運行模擬了CWC機型，如在一些實例（見例子/）。（命令行）界面作為一個普通的用戶，你應該運行：-i model.cwc-o -t -s -n -c --qt閾值-q -w 其中： - 是可執行文件的名稱（默認：SCWC）;＆NBSP; - model.cwc是輸入CWC程序（見例子）;＆NBSP; - 統計數據是輸出文件的前綴;＆NBSP; - ...

貘是一個Python的工具，它包含程序估算並繪製系統發育信息量用於大型數據集。引用貘當使用貘，請引用： - 公元前費爾克洛思，長安Ĵ，阿爾法羅ME：貘使系統發生信息量的高通量分析。 - 湯森JP：仿形系統發育信息量。系統生物學。 2007年，56：222-231。 - 池塘SLK，弗羅斯特SDW，繆斯SV：的HyPHY：假設使用系統發育測試。生物信息學2005，21：676-679。安裝目前，安裝程序最簡單的方法是：混帳混帳克隆：//github.com/faircloth-lab/tapir.git...

生物信息學標杆體系是要建立一個合理的測試框架，測試和數據，以使最終用戶和廠商探討他們的系統的性能的一種嘗試。我們現在要做的是創建一個用於測試的框架，以及測試核心組都可以下載並使用探測系統性能的具體內容。此外，源頭上這些測試是根據GPL提供，並託管在Bioinformatics.org和可擴展的情報有限責任公司的想法是，以使最終用戶，消費者，系統開發商，和其他人輕鬆地構建和使用的測量和調整的原因有意義的測試。喬蘭德曼從可擴展的情報LLC構思的想法，並寫了原來的代碼。我們正在尋找更多的基準碼建議，測試，數據集等...

E-Cell系統是在計算機上虛擬構造單元的概念。E-Cell系統是一個面向對象的軟件套件進行建模，仿真和大型複雜的系統，如生物細胞，經高橋耕一架構，並通過編寫一個美妙的開發團隊分析。系統，E-Cell模擬環境版本3，核心部分允許具有不同時間尺度的共存受到多個算法許多組件。電子電池項目是一個國際研究項目旨在開發必要的理論支持，技術和軟件平台，允許精確的全細胞模擬。E-Cell系統由以下三個主要部分組成： - E-Cell模擬環境（或E-Cell SE） - E-Cell模擬環境（或E-CELL ME）...

橙生物信息學是一個橙色的數據挖掘軟件附加＆NBSP;它擴展橙在生物信息學的基本任務提供常用功能。它還提供了小部件橙色帆布，使用戶誰是不是程序員來管理芯片和基因組數據流量和通過結合常見的數據分析工具，以滿足他們的需求來定制他們的分析。文檔被找到在：http://orange-bioinformatics.readthedocs.org/Requirements:Python...

NEO（神經合奏的對象），是一個項目，提供一套通用的基類神經的數據分析中使用，以獲得OpenElectrophy，NeuroTools或許其他項目有類似目標的更緊密的目的。兩個主要的目標已經確定，到目前為止：＆NBSP; *第一個里程碑是提供一種用於處理電生理（體內和/或模擬的）數據定義通用類名和概念。＆NBSP; *第二個里程碑是重新實現這些抽象類，因為這會滿足兩個項目的模塊。該項目背後的人來討論非常開放。任何反饋是很高興的歡迎和高度讚賞 要求： ...

reciprocal_smallest_distance是使用全局序列比對和序列之間的最大似然進化距離準確地檢測基因組之間的同源基因成對直向算法。安裝從壓縮包下載並解壓最新版本github上：CD〜捲曲-L https://github.com/downloads/todddeluca/reciprocal_smallest_distance/reciprocal_smallest_distance-VERSION.tar.gz...