最好的 生物信息學 為 Linux

Genepidgin是一套Python的工具，協助評估和分配基因產品名稱及NBSP;有三個主要組成部分：genepidgin *清潔*＆NBSP;規範了每UNIPROT命名規則基因名稱genepidgin *比較*＆NBSP;比較兩個或更多組基因名稱的genepidgin *選擇*＆NBSP;從同源性證據vareity選擇最適當的產品名欲了解更多信息，包括當前的發展狀況，請訪問Genepidgin的文檔 要求： ...

STEPS是包在任意複雜的三維幾何精確的隨機模擬反應擴散系統。我們的堆芯模擬算法的Gillespie的SSA的實施方案，延長處理過的分子三維四面體網狀物的元素的擴散。雖然它主要開發用於模擬在樹突和周圍神經突觸的信號通路的詳細模型，它是一個普通的工具，可以用於研究任何生化途徑中的空間梯度和形態被認為發揮作用。我們已實現的步驟作為一組Python模塊，這意味著步驟的用戶可以使用Python腳本來控制建立模型，生成網格，控制模擬和產生和分析輸出的所有方面。核心計算例程仍實現為用於執行的最大速度的C / C...

TRMiner是一個Python的工具，旨在科學數據策展人＆NBSP;它允許快速修剪科學出版物的大集合相關的一個給定的挖掘目標句子。這是在兩個步驟中實現的。首先，文本tranlated為標記相關的單詞序列。其次，正則表達式模式中搜索令牌序列。 。火柴被翻譯回自然語言的句子和作為提供基於HTML5的輸出，允許手動策展人進行排序，並為進一步的閱讀和信息提取率匹配 要求 ...

生物信息學標杆體系是要建立一個合理的測試框架，測試和數據，以使最終用戶和廠商探討他們的系統的性能的一種嘗試。我們現在要做的是創建一個用於測試的框架，以及測試核心組都可以下載並使用探測系統性能的具體內容。此外，源頭上這些測試是根據GPL提供，並託管在Bioinformatics.org和可擴展的情報有限責任公司的想法是，以使最終用戶，消費者，系統開發商，和其他人輕鬆地構建和使用的測量和調整的原因有意義的測試。喬蘭德曼從可擴展的情報LLC構思的想法，並寫了原來的代碼。我們正在尋找更多的基準碼建議，測試，數據集等...

施塔登包是一個全面發展的一套DNA序列組裝（Gap4），編輯和分析工具（旋轉）為Unix，Linux和MacOSX上和MS Windows的。在Gap4面前出現了幾次小的加入相關改進如何得分加盟查找內部聯接和在加入編輯器中的對齊按鈕的功能。還後果gap4的是各種變化io_lib（該庫所有I /...

AREM是一款基於MACS（基於模型分析的ChIP-SEQ數據）。高通量測序耦合到染色質免疫沉澱（芯片起）被廣泛用於表徵基因組範圍的轉錄因子，輔因子，染色質改性劑，和其它DNA結合蛋白結合模式。在芯片起數據分析的一個關鍵步驟是由映射高通量測序短讀取到參考基因組，並確定富含短讀取峰值區域。雖然有幾種方法已經被提出用於芯片起分析，大部分現有ACTUAL方法僅考慮讀取，可以唯一地放置在參照基因組，並因此具有低的功率，用於檢測峰值LO-重複序列內cated。在這裡，我們介紹一種概率進近的芯片起的數據分析，利用所有的...

seriesoftubes是一個擴展的管道的Solexa芯片起的數據。包文件 要求...

MetagenomeDB是一個Python庫設計，易於存儲，檢索和宏基因組註釋和序列NBSP;。MetagenomeDB可作為對MongoDB數據庫之上的抽象層。它提供了一個API來創建和修改，並連接兩種類型的對象，即序列和集合：＆NBSP; *序列（序列類）可以讀，重疊群，PCR克隆等。＆NBSP;...

印章是一個Python模塊，提供Hadoop的序列比對。密封的MapReduce的應用生物序列比對。它運行在Hadoop（http://hadoop.apache.org）通過Pydoop（http://pydoop.sourceforge.net），一個用於Hadoop的Python的MapReduce和HDFS API。 要求： ...

MISO（異構體的混合物）是用Python編寫的概率框架，進行定量的表達水平與NBSP;從RNA測序數據的選擇性剪接基因，並確定整個樣本差異調節亞型或外顯子。通過模擬的生成過程，其中讀取來自於RNA測序亞型的生產，從MISO模型使用貝葉斯推斷來計算該讀出來自一個特定同種型的概率。MISO使用的讀操作亞型定量底層一套替代mRNA異構體的豐度的推斷分配。置信區間過度估計可以得到的，其量化所述估計值的可靠性。請參閱http://genes.mit.edu/burgelab/miso/docs/的MISO手動和文檔...