最好的 生物信息學 為 Linux

構建類似於make系統經常用於創建複雜的工作流程，如在生物信息學和NBSP; snakemake旨在通過提供一個乾淨的和現代的特定領域的規範語言（DSL）在python風格使創建工作流程的複雜性，以及快速，舒適的運行環境。安裝 - 在Ubuntu 12.04中，可以安裝Debian軟件包python3-snakemake可在我們啟動板庫。 - 在其他系統上，你需要的Python> = 3.2的安裝工作。根據您的系統，您可以通過發出任何的easy_install...

CLC DNA工作台創建了一個軟件環境，使用戶能夠使大量先進的DNA序列進行分析，並結合流暢的數據管理，以及優秀的圖形查看和輸出選項。CLC DNA Workbench是可在Windows，Mac OS X和Linux平台 功能： ...

seriesoftubes是一個擴展的管道的Solexa芯片起的數據。包文件 要求...

在STEME項目開始生活作為一個近似的預期，Maximisation算法的圖案發現者，如MEME使用模型的類型。STEME大局; EM近似運行一個數量級比更迅速的MEME實施為典型的參數設置。 STEME現已發展成為在自己的權利一個不折不扣的圖案發現者。為什麼要使用STEME？成熟的模式發現技術STEME是基於嘗試和測試MEME算法。...

Genepidgin是一套Python的工具，協助評估和分配基因產品名稱及NBSP;有三個主要組成部分：genepidgin *清潔*＆NBSP;規範了每UNIPROT命名規則基因名稱genepidgin *比較*＆NBSP;比較兩個或更多組基因名稱的genepidgin *選擇*＆NBSP;從同源性證據vareity選擇最適當的產品名欲了解更多信息，包括當前的發展狀況，請訪問Genepidgin的文檔 要求： ...

MISO（異構體的混合物）是用Python編寫的概率框架，進行定量的表達水平與NBSP;從RNA測序數據的選擇性剪接基因，並確定整個樣本差異調節亞型或外顯子。通過模擬的生成過程，其中讀取來自於RNA測序亞型的生產，從MISO模型使用貝葉斯推斷來計算該讀出來自一個特定同種型的概率。MISO使用的讀操作亞型定量底層一套替代mRNA異構體的豐度的推斷分配。置信區間過度估計可以得到的，其量化所述估計值的可靠性。請參閱http://genes.mit.edu/burgelab/miso/docs/的MISO手動和文檔...

Pathomx（原MetaPath）在IPython中，Qt和PyQt的實施一個開源的圖形化軟件，從設計來充當可視化和在GNU /...

挖洞輪車定位儀（BWA）是對齊針對長期參考序列比較短的鹼基序列，例如，人類基因組的高效程序。該軟件實現了兩個算法，BWA-短期和BWA-SW。前者作品查詢序列比200bp的短，達到約100kbp後者為更長的序列。兩種算法做跳空對齊。它們通常更精確和更快的具有低錯誤率的查詢。請參閱BWA手冊頁了解更多信息。 BWA是否對齊454讀取？＆NBSP;是的，沒有。 BWA的BWA-SW部分運作良好，在454讀取約200個基點以上。它實現了類似的對準精度來SSAHA2而快得多。...

avalanchetoolbox是一個工具箱，用於識別和描述分支過程，如神經元雪崩 要求： ...

OpenElectrophy是一個框架，以方便操作，存儲和電生理數據進行分析。它可以從許多不同的文件格式導入數據，並將它們存儲在單個SQL型數據庫。包括OpenELectrophy分析工具振盪檢測和穗檢測。進一步的分析必須被寫入但OpenElectrophy提供類和函數的庫，它的高度有利於在數據庫和其操作有用的數據的查詢。 。提供的腳本示例的完整列表，並且可以簡單地修改，以適應任何具體數據，需要 要求： ...