新 生物信息學 為 Linux

Jmol 是一個開源，跨平台和免費的圖形軟件，最初設計用作3D化學結構的分子查看器。它以四種獨立模式運行，如HTML5...

Orthanc是一個完全免費的，開源的，簡單，重量輕，但功能強大的REST風格的獨立DICOM（醫學數字成像和通信醫學）服務器，可以在醫療保健和醫學研究的環境中使用。這和rsquo的;用C...

Ghemical是在GNU GPL下發布的計算化學軟件。這意味著，包完整的源代碼可用，並且用戶可以自由地研究和修改程序包。 Ghemical是用C ++編寫。Ghemical項目具有圖形用戶界面（這是基於GNOME），並且支持量子力學（半經驗和從頭）模型和分子力學模型（還有一個實驗榮譽學位5.2樣力場有機molecu也為減少蛋白質的模型[1]的一個工具是包括在內。幾何優化，分子動力學和一大組的可視化工具目前已經上市。Ghemical依靠外部碼以提供量子力學計算。半經驗方法MNDO，MINDO /...

SyntenyMiner是一個應用程序可視化和查詢多個完整的基因組序列之間的比較。該接口提供匹配的通航，以便參考基因組序列。序列之間的匹配不同基因組染色體可以進一步審查的散點圖的背景下，揭示大型和小型規模的基因組rearragements包括倒置，插入/缺失，易位和...

mpiBLAST是一個基於MPI並行實現NCBI BLAST的。該項目包括的一對替代FORMATDB和blastall與執行BLAST作業並行安裝了MPI的計算機集群上的版本方案。有兩個主要的優勢，使用mpiBLAST與傳統的BLAST。首先，mpiBLAST分割在每個節點的數據庫集群中。因為數據庫的每個節點的段是較小它通常可以駐留在緩衝區緩存，得到顯著加速由於消除的磁盤I /...

RFLP策劃者是一個工具，幫助規劃一個RFLP實驗：它發現的限制酶，切斷了一套以不同的方式同源的DNA序列，並模擬所產生的凝膠 -...

阿敦項目是一個可擴展的生物分子模擬程序，包括數據管理和分析能力。阿敦提供先進的算法和協議，可以從一個直觀的用戶界面，但也從一個更靈活的方案一級來訪問分子模擬。它是建立在阿敦框架，它是一個功能強大的庫，用於創建和操縱模擬。然而，它通過將用於分析和模擬的數據的管理工具藏漢作為提供機構，其允許容易擴展其能力超越只是進行模擬。在許多意義阿敦很簡單，就是可以將任何分子模擬工具，使得它幾乎是無限的增長潛力的結構。阿敦是一個新的可擴展的分子模擬程序，還包括數據管理和分析能力。以下是我們對1.0版本的軟件主要目標的概述。目...

GDIS是一個基於GTK程序的顯示和操作分離分子和週期性系統。這個軟件是在發展，但仍然是相當的功能。這裡是“GDIS”的一些主要特點：...

生物信息學標杆體系是要建立一個合理的測試框架，測試和數據，以使最終用戶和廠商探討他們的系統的性能的一種嘗試。我們現在要做的是創建一個用於測試的框架，以及測試核心組都可以下載並使用探測系統性能的具體內容。此外，源頭上這些測試是根據GPL提供，並託管在Bioinformatics.org和可擴展的情報有限責任公司的想法是，以使最終用戶，消費者，系統開發商，和其他人輕鬆地構建和使用的測量和調整的原因有意義的測試。喬蘭德曼從可擴展的情報LLC構思的想法，並寫了原來的代碼。我們正在尋找更多的基準碼建議，測試，數據集等...

pyNetConv是為了幫助一些網絡文件格式轉換一個Python庫。自從0.6版本，pyNetConv能夠讀/寫（和轉換/於）以下文件格式：...