最好的 生物信息學 為 Linux

picme是包含項目估算並繪製系統發育信息量用於大型數據集Python包。安裝目前，安裝程序最簡單的方法是：混帳混帳克隆：//github.com/faircloth-lab/picme.git /路徑/到/ picme運行測試：CD /路徑/到/ picme /蟒蛇測試/...

Pathomx（原MetaPath）在IPython中，Qt和PyQt的實施一個開源的圖形化軟件，從設計來充當可視化和在GNU /...

Ghemical是在GNU GPL下發布的計算化學軟件。這意味著，包完整的源代碼可用，並且用戶可以自由地研究和修改程序包。 Ghemical是用C ++編寫。Ghemical項目具有圖形用戶界面（這是基於GNOME），並且支持量子力學（半經驗和從頭）模型和分子力學模型（還有一個實驗榮譽學位5.2樣力場有機molecu也為減少蛋白質的模型[1]的一個工具是包括在內。幾何優化，分子動力學和一大組的可視化工具目前已經上市。Ghemical依靠外部碼以提供量子力學計算。半經驗方法MNDO，MINDO /...

LSim疊加大分子電子密度和計算的結構相似性得分。其計算線性擴展與分子的大小進行比較。的LSim路線在概念上是無關的生化結構元件，因此，是無偏和適當的用於結構只蛋白相似的研究。安裝方式：解壓縮分發文件：焦油-xzvf lsim-linux.tar.gz移動到文件目錄：CD lsim.1.0.0複製，移動或可執行文件lsim鏈接到一個合適的位置 - 和確保lsim是通過PATH環境可變，例如訪問：CP lsim的/ usr / local /...

ProteinShop是用於操縱蛋白質結構的交互式工具。它被設計用來快速創建使用人類的知識和直覺一組蛋白質配置。這些配置可以進行局部或全局優化。雖然ProteinShop不進行全局優化過程本身，它提供了一個框架可用於與一個全局優化過程互動這可能是一個遠程計算機上運行。ProteinShop提出了三種級別的功能Ⅰ級：顯示一個三維的蛋白質結構...

Syntainia是一個創新的應用為多個基因組的可視化及NBSP;它提供了一個簡單而直觀的用戶界面來查看和操縱基因組之間的關係。更清晰的基因的可視化，它是更容易為研究者以識別多個基因組中同線性保護。  Syntainia是一個桌面應用程序，它看起來不錯，在Windows，Linux和Mac OS X上運行流暢，而且也適用於任何其他操作系統與Java 6。 什麼是新的的此版本： ...

泥炭是一套用於捕獲，預測和分析蛋白質的生物物理特性的方案。見http://enzyme.ucd.ie/PEAT的文檔，說明，截圖等 要求： ...

edittag是一個應用集設計集編輯度量序列標籤，檢查序列標籤對構象到編輯度量，和整合序列標籤對特定平台的測序接頭和PCR引物。 edittag不同於其他的方法：＆NBSP; * edittag生成編輯度量序列標籤使用多合理的時間框架任意長度＆NBSP; * edittag產生編輯度量序列標籤集符合所選擇的編輯距離＆NBSP; *使用edittag：引物進行整合序列標籤PCR引物我們提供了多種大型成套編輯指標序列標籤以下格式使用edittag設計的：＆NBSP; *文本 -...

reciprocal_smallest_distance是使用全局序列比對和序列之間的最大似然進化距離準確地檢測基因組之間的同源基因成對直向算法。安裝從壓縮包下載並解壓最新版本github上：CD〜捲曲-L https://github.com/downloads/todddeluca/reciprocal_smallest_distance/reciprocal_smallest_distance-VERSION.tar.gz...

構建類似於make系統經常用於創建複雜的工作流程，如在生物信息學和NBSP; snakemake旨在通過提供一個乾淨的和現代的特定領域的規範語言（DSL）在python風格使創建工作流程的複雜性，以及快速，舒適的運行環境。安裝 - 在Ubuntu 12.04中，可以安裝Debian軟件包python3-snakemake可在我們啟動板庫。 - 在其他系統上，你需要的Python> = 3.2的安裝工作。根據您的系統，您可以通過發出任何的easy_install...