最好的 生物信息學 為 Linux

MetagenomeDB是一個Python庫設計，易於存儲，檢索和宏基因組註釋和序列NBSP;。MetagenomeDB可作為對MongoDB數據庫之上的抽象層。它提供了一個API來創建和修改，並連接兩種類型的對象，即序列和集合：＆NBSP; *序列（序列類）可以讀，重疊群，PCR克隆等。＆NBSP;...

SSuMMo是功能設計圍繞反复使用HMMER以序列分配到類群＆NBSP庫;結果在很大程度上註明樹顯示，社區內的物種/屬分佈。包含源代碼程序，包括工具： - - 建立隱馬爾可夫模型的層次數據庫 - dictify.py; - 分配序列公認的分類名稱 - SSUMMO.py; - 分析生物多樣性，採用辛普森，香農與其他方法 - rankAbundance.py; - 可視化結果帶有明顯的能力，很容易交叉對比數據集進化樹 - comparative_results.py -...

tigreBrowser是從蒂格雷 - [R包結果的基因表達模式瀏覽器（http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html）。安裝：tigreBrowser需要Python版本> = 2.5。...

MACS2是基於模型的分析工具的ChIP-SEQ數據。用的測序技術的改善，染色質免疫沉澱，隨後通過高通量測序（芯片起）越來越流行，研究的全基因組蛋白-DNA相互作用。為了解決缺乏強大的芯片序列分析方法，提出了一種新的算法，命名為芯片-SEQ（MACS）基於模型的分析，確定談話因子結合位點。 MACS捕獲的基因組的複雜性，以評估富集芯片區域的意義的影響，和MACS提高了通過結合兩種測序標籤的位置和方向的信息的結合位點的空間分辨率。 。MACS可以很容易地用於芯片序列數據單獨或與具有特異性的增加控制樣品 ...

edittag是一個應用集設計集編輯度量序列標籤，檢查序列標籤對構象到編輯度量，和整合序列標籤對特定平台的測序接頭和PCR引物。 edittag不同於其他的方法：＆NBSP; * edittag生成編輯度量序列標籤使用多合理的時間框架任意長度＆NBSP; * edittag產生編輯度量序列標籤集符合所選擇的編輯距離＆NBSP; *使用edittag：引物進行整合序列標籤PCR引物我們提供了多種大型成套編輯指標序列標籤以下格式使用edittag設計的：＆NBSP; *文本 -...

MacMolPlt是一個現代化的圖形程序繪製三維分子結構和正常模式（振動）。現代化的手段：...

picme是包含項目估算並繪製系統發育信息量用於大型數據集Python包。安裝目前，安裝程序最簡單的方法是：混帳混帳克隆：//github.com/faircloth-lab/picme.git /路徑/到/ picme運行測試：CD /路徑/到/ picme /蟒蛇測試/...

SyntenyMiner是一個應用程序可視化和查詢多個完整的基因組序列之間的比較。該接口提供匹配的通航，以便參考基因組序列。序列之間的匹配不同基因組染色體可以進一步審查的散點圖的背景下，揭示大型和小型規模的基因組rearragements包括倒置，插入/缺失，易位和...

ProteinShop是用於操縱蛋白質結構的交互式工具。它被設計用來快速創建使用人類的知識和直覺一組蛋白質配置。這些配置可以進行局部或全局優化。雖然ProteinShop不進行全局優化過程本身，它提供了一個框架可用於與一個全局優化過程互動這可能是一個遠程計算機上運行。ProteinShop提出了三種級別的功能Ⅰ級：顯示一個三維的蛋白質結構...

PySCeS是由三重-J組的分子細胞生理學＆NBSP開發的項目;以盡量模型和理解複雜的流程和系統，從而彌補了活細胞 特點： 在一個基於文本的模型描述語言在結構分析模塊。在集成的實時仿真在非線性求解器穩態分析進行代謝控制分析模塊對於表現出多穩態系統的一個分支模塊在各種額外的參數掃描，數據輸出和打印utilites。在動態模塊加載框架。在SBML導入和導出功能。 要求： ...