挖洞輪車定位儀（BWA）是對齊針對長期參考序列比較短的鹼基序列，例如，人類基因組的高效程序。
該軟件實現了兩個算法，BWA-短期和BWA-SW。前者作品查詢序列比200bp的短，達到約100kbp後者為更長的序列。
兩種算法做跳空對齊。它們通常更精確和更快的具有低錯誤率的查詢。請參閱BWA手冊頁了解更多信息。
BWA是否對齊454讀取？
＆NBSP;是的，沒有。 BWA的BWA-SW部分運作良好，在454讀取約200個基點以上。它實現了類似的對準精度來SSAHA2而快得多。 BWA-SW也適用於較短的讀取，但靈敏度降低。此外，BWA-SW不支持配對末端對齊。
什麼是最大的查詢序列長度對齊？
＆NBSP;建議只使用BWA短的讀取比200個基點短。雖然BWA-短篇作品多達原則幾個KBP查詢，其性能下降。對於長時間閱讀，BWA-SW是更好的。
＆NBSP;在BWA-SW組件可以對齊BAC序列（約150kbp）對人類基因組。在每個時間單位對準鹼基而言速度媲美的1kbp讀取對準的速度。原則上，BWA-SW應該能夠調整一些MBP查詢序列相似的速度，但我沒試過。
什麼是測序錯誤的寬容？
＆NBSP; BWA短，主要針對低於2％的測序錯誤率。儘管用戶可以要求它容忍調整命令行選項更多的錯誤，它的性能迅速下降。請注意，對於Illumina的讀取，BWA-短可任選修剪從對準之前的3'末端的低質量的鹼，從而能夠調整多與在尾高錯誤率，這是典型的Illumina的數據讀出。
＆NBSP; BWA-SW容忍給予更長的調整更多的錯誤。仿真表明，BWA-SW可以很好地工作給予2％的誤差為100bp的對準，3％的誤差為一個200bp的，為500bp的5％和10％為1000bp或更長對齊。
是否BWA發現嵌合讀？
＆NBSP;是的，BWA-SW組件是能夠找到嵌合體。 BWA報告通常一次調整為每讀取數據，但輸出，如果讀/重疊群是一個嵌合體兩個或兩個以上的路線。
是否BWA調用的SNPs就像MAQ？
＆NBSP;不，BWA只做對齊。儘管如此，它輸出在所支持幾個通用的SNP呼叫者如samtools和GATK在SAM格式比對。
我看到一個讀一對具有高品質的映射，但對方讀為零。這是正確的？
＆NBSP;這是正確的。映射質量被分配給個人的讀，而不是用於讀對。這可能是一個讀可以明確地映射，但它的對偶落在tandom重複，因此，其精確的位置不能確定。
我看到一個讀脫穎而出染色體的末端，被標記為未映射（標誌為0x4）。這裡發生了什麼？
＆NBSP;內部BWA符連接所有參考序列合併為一個長的序列。讀可以被映射到兩個相鄰的參考序列的交界處。在這種情況下，BWA將標誌改為未映射，但你會看到的位置，雪茄和所有的標籤。一個更好的解決辦法是選擇一個備用位置或修剪對準出端的，但是這是在編程相當複雜，並非是在該時刻執行。
是否BWA工作總？的參考序列比4GB長
＆NBSP;否，這是不可能的，並且將不會在不久的將來，由於所涉及的技術複雜性的支持。
勘誤表
一個空字符串的後綴陣列間隔應[0，N-1]，其中n是數據庫字符串[-1 N 1，]作為Li和德賓（2009年和2010年）的規定的長度，不。與此相對應，我們需要定義O（一，-1）= 0和修改偽圖3，從Li和德賓（2009年）。 BWA的實施實際上是正確的。該錯誤只發生在紙張上。我們深表歉意的混亂和感謝尼爾斯荷馬和亞伯安東尼腐屍科利亞多指出了這一點
什麼在此版本中是新的：
- 修正：在XA標籤替代重複點擊
- 修正：啟用修剪時，BWA-AlN的微調1BP少 。
- 在殘疾人士的色彩空間調整。 0.6.x工作不憑藉雄厚的讀取當前。
- 修正：段錯誤是由於過多的曖昧基地
- 修正：在SE模式不正確的隊友位置
- 修正：在PE模式下難得的段錯誤
- 當宏觀_NO_SSE2在使用中，回落到標準的史密斯 - 沃特曼
- 而不是SSE2-SW。
- 可選標記分命中較低的定位分數作為次要的。
- 修正：引起歧義基地無限循環
- 可選輸出查詢序列。
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