最好的 生物信息學 為 Linux

VULCAN項目提供計算流體動力學分析。VULCAN（粘性迎風算法的複雜流量分析）提供了亞音速計算流體動力學通過高超聲速湍流反應和對各種串行和並行計算平台的非反應流。推進流分析的計算成本是通過使用特殊的紊流壁處理，多網格方法橢圓和空間推進計劃減小，並且方程的調理，以減少數值剛度。物理建模能力通過納入模型壓縮，雷諾應力各向異性，湍流擴散，有限率化學，湍流/化學反應相互作用效果的提高。VULCAN可以模擬二維，三維，或軸對稱多塊的問題 什麼在此版本中是新的： ...

Murka是一個免費，跨平台和開源的命令行軟件，可幫助用戶輕鬆解決系統發育問題，只需使用平均網絡。它包括啟發式方法，精確的算法，以及一個施泰納問題解決者。Murka大局;輸入提供可逆和取向stepmatrix，輸出報價（分）最佳樹和它們的幾種組合。該軟件已在Linux和Microsoft Windows操作系統進行了測試。本申請提供的最低費用樹的完全覆蓋。有幾個類似的計劃存在，如AWC...

STEPS是包在任意複雜的三維幾何精確的隨機模擬反應擴散系統。我們的堆芯模擬算法的Gillespie的SSA的實施方案，延長處理過的分子三維四面體網狀物的元素的擴散。雖然它主要開發用於模擬在樹突和周圍神經突觸的信號通路的詳細模型，它是一個普通的工具，可以用於研究任何生化途徑中的空間梯度和形態被認為發揮作用。我們已實現的步驟作為一組Python模塊，這意味著步驟的用戶可以使用Python腳本來控制建立模型，生成網格，控制模擬和產生和分析輸出的所有方面。核心計算例程仍實現為用於執行的最大速度的C / C...

衣殼是一個全面的開源平台，它集成了高性能計算管道病原體序列識別＆NBSP;與表徵人類基因組和轉錄組以及一個可伸縮的結果數據庫，用於管理用戶友好的基於Web的軟件應用程序，查詢和可視化效果。入門您將需要MongoDB數據庫，一個Python 2.6+的安裝和Apache Tomcat 6+。欲了解更多詳情，請閱讀維基： 在修復：http://wiki.github.com/capsid/capsid/homeWhat在此版本中是新的沒有找到運行減法和調整時的錯誤消息在固定長時間運行的查詢更多的工作 ...

AREM是一款基於MACS（基於模型分析的ChIP-SEQ數據）。高通量測序耦合到染色質免疫沉澱（芯片起）被廣泛用於表徵基因組範圍的轉錄因子，輔因子，染色質改性劑，和其它DNA結合蛋白結合模式。在芯片起數據分析的一個關鍵步驟是由映射高通量測序短讀取到參考基因組，並確定富含短讀取峰值區域。雖然有幾種方法已經被提出用於芯片起分析，大部分現有ACTUAL方法僅考慮讀取，可以唯一地放置在參照基因組，並因此具有低的功率，用於檢測峰值LO-重複序列內cated。在這裡，我們介紹一種概率進近的芯片起的數據分析，利用所有的...

Syntainia是一個創新的應用為多個基因組的可視化及NBSP;它提供了一個簡單而直觀的用戶界面來查看和操縱基因組之間的關係。更清晰的基因的可視化，它是更容易為研究者以識別多個基因組中同線性保護。  Syntainia是一個桌面應用程序，它看起來不錯，在Windows，Linux和Mac OS X上運行流暢，而且也適用於任何其他操作系統與Java 6。 什麼是新的的此版本： ...

Orthanc是一個完全免費的，開源的，簡單，重量輕，但功能強大的REST風格的獨立DICOM（醫學數字成像和通信醫學）服務器，可以在醫療保健和醫學研究的環境中使用。這和rsquo的;用C...

泥炭是一套用於捕獲，預測和分析蛋白質的生物物理特性的方案。見http://enzyme.ucd.ie/PEAT的文檔，說明，截圖等 要求： ...

LSim疊加大分子電子密度和計算的結構相似性得分。其計算線性擴展與分子的大小進行比較。的LSim路線在概念上是無關的生化結構元件，因此，是無偏和適當的用於結構只蛋白相似的研究。安裝方式：解壓縮分發文件：焦油-xzvf lsim-linux.tar.gz移動到文件目錄：CD lsim.1.0.0複製，移動或可執行文件lsim鏈接到一個合適的位置 - 和確保lsim是通過PATH環境可變，例如訪問：CP lsim的/ usr / local /...

TRMiner是一個Python的工具，旨在科學數據策展人＆NBSP;它允許快速修剪科學出版物的大集合相關的一個給定的挖掘目標句子。這是在兩個步驟中實現的。首先，文本tranlated為標記相關的單詞序列。其次，正則表達式模式中搜索令牌序列。 。火柴被翻譯回自然語言的句子和作為提供基於HTML5的輸出，允許手動策展人進行排序，並為進一步的閱讀和信息提取率匹配 要求 ...