頂部 生物信息學 為 Linux

CodonW是旨在簡化密碼子和氨基酸的使用多因素分析（對應分析）的程序。它還計算密碼子使用的標準指標。它有兩個菜單和命令行界面。該CodonW項目在保銳，遺傳學系，英國諾丁漢大學的實驗室寫由約翰·佩登。約翰是工作在人類遺傳學和目前受聘為ProCardis數據庫管理器在WTCHG在牛津大學。這裡是“CodonW”的一些主要特點：·用ANSI標準的C·菜單驅動·命令行選項廣泛號·獨立的遺傳密碼·上沒有限制1.數字序列2.序列長度·計算的密碼子使用指數1.蔡：密碼子適應指數2. Fop的：優化密碼子頻率3....

LSim疊加大分子電子密度和計算的結構相似性得分。其計算線性擴展與分子的大小進行比較。的LSim路線在概念上是無關的生化結構元件，因此，是無偏和適當的用於結構只蛋白相似的研究。安裝方式：解壓縮分發文件：焦油-xzvf lsim-linux.tar.gz移動到文件目錄：CD lsim.1.0.0複製，移動或可執行文件lsim鏈接到一個合適的位置 - 和確保lsim是通過PATH環境可變，例如訪問：CP lsim的/ usr / local /...

CLC序列器創建的軟件環境，使用戶能夠進行基本的生物信息學分析和流暢的數據管理，加上出色的圖形查看和輸出選項。以下是“CLC免費工作平台”的一些主要特點： - GenBank中搜索和查看（直線和圓的觀點） - DNA的多重比對，RNA和蛋白質（2比對算法） - 開放閱讀框確定 - 從DNA翻譯蛋白質（所有基因的翻譯表） - 與殘渣組成，分子量和等電點（對於蛋白）報告 - 鄰接和UPGMA系統發育 - 限制現場分析和查看 - 其他設施的報告 - 導入/導出到一些數據格式 - 外部文件啟動 -...

CLC DNA工作台創建了一個軟件環境，使用戶能夠使大量先進的DNA序列進行分析，並結合流暢的數據管理，以及優秀的圖形查看和輸出選項。CLC DNA Workbench是可在Windows，Mac OS X和Linux平台 功能： ...

MetagenomeDB是一個Python庫設計，易於存儲，檢索和宏基因組註釋和序列NBSP;。MetagenomeDB可作為對MongoDB數據庫之上的抽象層。它提供了一個API來創建和修改，並連接兩種類型的對象，即序列和集合：＆NBSP; *序列（序列類）可以讀，重疊群，PCR克隆等。＆NBSP;...

施塔登包是一個全面發展的一套DNA序列組裝（Gap4），編輯和分析工具（旋轉）為Unix，Linux和MacOSX上和MS Windows的。在Gap4面前出現了幾次小的加入相關改進如何得分加盟查找內部聯接和在加入編輯器中的對齊按鈕的功能。還後果gap4的是各種變化io_lib（該庫所有I /...

ProteinShop是用於操縱蛋白質結構的交互式工具。它被設計用來快速創建使用人類的知識和直覺一組蛋白質配置。這些配置可以進行局部或全局優化。雖然ProteinShop不進行全局優化過程本身，它提供了一個框架可用於與一個全局優化過程互動這可能是一個遠程計算機上運行。ProteinShop提出了三種級別的功能Ⅰ級：顯示一個三維的蛋白質結構...

貝因是一個微型LIMS和工作流程經理生物信息學，用Python寫的 要求： ...

massXpert質譜包是線性的（生物）聚合物質譜環境。它繼承了GNU polyxmass的所有的創新，因為它是一個項目一個跨平台開發環境的端口 什麼在此版本中是新的： 的XpertMiner模塊的改進，使處理列表更容易; 計算一個大的聚合物與低分辨率...峰形不會在重心平均價值為中心。的同位素簇時，這似乎修正錯誤的計算由一個全光譜模擬功能，它允許一個來計算譜（任選地與所有的同位素簇）通過給定的聚合物的裂解得到的低聚物的列表的基礎上; 同上，但計算了一組從化學式啟動M / z比後;...

E-Cell系統是在計算機上虛擬構造單元的概念。E-Cell系統是一個面向對象的軟件套件進行建模，仿真和大型複雜的系統，如生物細胞，經高橋耕一架構，並通過編寫一個美妙的開發團隊分析。系統，E-Cell模擬環境版本3，核心部分允許具有不同時間尺度的共存受到多個算法許多組件。電子電池項目是一個國際研究項目旨在開發必要的理論支持，技術和軟件平台，允許精確的全細胞模擬。E-Cell系統由以下三個主要部分組成： - E-Cell模擬環境（或E-Cell SE） - E-Cell模擬環境（或E-CELL ME）...