頂部 生物信息學 為 Linux

衣殼是一個全面的開源平台，它集成了高性能計算管道病原體序列識別＆NBSP;與表徵人類基因組和轉錄組以及一個可伸縮的結果數據庫，用於管理用戶友好的基於Web的軟件應用程序，查詢和可視化效果。入門您將需要MongoDB數據庫，一個Python 2.6+的安裝和Apache Tomcat 6+。欲了解更多詳情，請閱讀維基： 在修復：http://wiki.github.com/capsid/capsid/homeWhat在此版本中是新的沒有找到運行減法和調整時的錯誤消息在固定長時間運行的查詢更多的工作 ...

MISO（異構體的混合物）是用Python編寫的概率框架，進行定量的表達水平與NBSP;從RNA測序數據的選擇性剪接基因，並確定整個樣本差異調節亞型或外顯子。通過模擬的生成過程，其中讀取來自於RNA測序亞型的生產，從MISO模型使用貝葉斯推斷來計算該讀出來自一個特定同種型的概率。MISO使用的讀操作亞型定量底層一套替代mRNA異構體的豐度的推斷分配。置信區間過度估計可以得到的，其量化所述估計值的可靠性。請參閱http://genes.mit.edu/burgelab/miso/docs/的MISO手動和文檔...

MACS2是基於模型的分析工具的ChIP-SEQ數據。用的測序技術的改善，染色質免疫沉澱，隨後通過高通量測序（芯片起）越來越流行，研究的全基因組蛋白-DNA相互作用。為了解決缺乏強大的芯片序列分析方法，提出了一種新的算法，命名為芯片-SEQ（MACS）基於模型的分析，確定談話因子結合位點。 MACS捕獲的基因組的複雜性，以評估富集芯片區域的意義的影響，和MACS提高了通過結合兩種測序標籤的位置和方向的信息的結合位點的空間分辨率。 。MACS可以很容易地用於芯片序列數據單獨或與具有特異性的增加控制樣品 ...

Biotools公司是一堆用Python編寫的生物信息學應用 要求： ...

PathVisio是實現Java編程語言和設計從地上爬起來，以用於下一個GNU /...

Murka是一個免費，跨平台和開源的命令行軟件，可幫助用戶輕鬆解決系統發育問題，只需使用平均網絡。它包括啟發式方法，精確的算法，以及一個施泰納問題解決者。Murka大局;輸入提供可逆和取向stepmatrix，輸出報價（分）最佳樹和它們的幾種組合。該軟件已在Linux和Microsoft Windows操作系統進行了測試。本申請提供的最低費用樹的完全覆蓋。有幾個類似的計劃存在，如AWC...

Pathomx（原MetaPath）在IPython中，Qt和PyQt的實施一個開源的圖形化軟件，從設計來充當可視化和在GNU /...

Jmol 是一個開源，跨平台和免費的圖形軟件，最初設計用作3D化學結構的分子查看器。它以四種獨立模式運行，如HTML5...

Orthanc是一個完全免費的，開源的，簡單，重量輕，但功能強大的REST風格的獨立DICOM（醫學數字成像和通信醫學）服務器，可以在醫療保健和醫學研究的環境中使用。這和rsquo的;用C...