新 生物信息學 為 Linux

印章是一個Python模塊，提供Hadoop的序列比對。密封的MapReduce的應用生物序列比對。它運行在Hadoop（http://hadoop.apache.org）通過Pydoop（http://pydoop.sourceforge.net），一個用於Hadoop的Python的MapReduce和HDFS API。 要求： ...

avalanchetoolbox是一個工具箱，用於識別和描述分支過程，如神經元雪崩 要求： ...

Murka是一個免費，跨平台和開源的命令行軟件，可幫助用戶輕鬆解決系統發育問題，只需使用平均網絡。它包括啟發式方法，精確的算法，以及一個施泰納問題解決者。Murka大局;輸入提供可逆和取向stepmatrix，輸出報價（分）最佳樹和它們的幾種組合。該軟件已在Linux和Microsoft Windows操作系統進行了測試。本申請提供的最低費用樹的完全覆蓋。有幾個類似的計劃存在，如AWC...

HTSeq是一個Python框架來處理和分析來自高通量測序數據（HTS）測定 要求： <...

橙生物信息學是一個橙色的數據挖掘軟件附加＆NBSP;它擴展橙在生物信息學的基本任務提供常用功能。它還提供了小部件橙色帆布，使用戶誰是不是程序員來管理芯片和基因組數據流量和通過結合常見的數據分析工具，以滿足他們的需求來定制他們的分析。文檔被找到在：http://orange-bioinformatics.readthedocs.org/Requirements:Python...

edittag是一個應用集設計集編輯度量序列標籤，檢查序列標籤對構象到編輯度量，和整合序列標籤對特定平台的測序接頭和PCR引物。 edittag不同於其他的方法：＆NBSP; * edittag生成編輯度量序列標籤使用多合理的時間框架任意長度＆NBSP; * edittag產生編輯度量序列標籤集符合所選擇的編輯距離＆NBSP; *使用edittag：引物進行整合序列標籤PCR引物我們提供了多種大型成套編輯指標序列標籤以下格式使用edittag設計的：＆NBSP; *文本 -...

VULCAN項目提供計算流體動力學分析。VULCAN（粘性迎風算法的複雜流量分析）提供了亞音速計算流體動力學通過高超聲速湍流反應和對各種串行和並行計算平台的非反應流。推進流分析的計算成本是通過使用特殊的紊流壁處理，多網格方法橢圓和空間推進計劃減小，並且方程的調理，以減少數值剛度。物理建模能力通過納入模型壓縮，雷諾應力各向異性，湍流擴散，有限率化學，湍流/化學反應相互作用效果的提高。VULCAN可以模擬二維，三維，或軸對稱多塊的問題 什麼在此版本中是新的： ...

seriesoftubes是一個擴展的管道的Solexa芯片起的數據。包文件 要求...

reciprocal_smallest_distance是使用全局序列比對和序列之間的最大似然進化距離準確地檢測基因組之間的同源基因成對直向算法。安裝從壓縮包下載並解壓最新版本github上：CD〜捲曲-L https://github.com/downloads/todddeluca/reciprocal_smallest_distance/reciprocal_smallest_distance-VERSION.tar.gz...

構建類似於make系統經常用於創建複雜的工作流程，如在生物信息學和NBSP; snakemake旨在通過提供一個乾淨的和現代的特定領域的規範語言（DSL）在python風格使創建工作流程的複雜性，以及快速，舒適的運行環境。安裝 - 在Ubuntu 12.04中，可以安裝Debian軟件包python3-snakemake可在我們啟動板庫。 - 在其他系統上，你需要的Python> = 3.2的安裝工作。根據您的系統，您可以通過發出任何的easy_install...