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ProteinShop是用於操縱蛋白質結構的交互式工具。它被設計用來快速創建使用人類的知識和直覺一組蛋白質配置。這些配置可以進行局部或全局優化。雖然ProteinShop
不進行全局優化過程本身，它提供了一個
框架可用於與一個全局優化過程互動
這可能是一個遠程計算機上運行。
ProteinShop提出了三種級別的功能
Ⅰ級：顯示一個三維的蛋白質結構
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