tigreBrowser

tigreBrowser是從蒂格雷 - [R包結果的基因表達模式瀏覽器（http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html）。
安裝：
tigreBrowser需要Python版本> = 2.5。 tigreBrowser可以使用以下命令進行安裝：
蟒蛇setup.py安裝
有關安裝Python模塊（例如，沒有安裝root權限僅為當前用戶）更多信息，請參閱http://docs.python.org/install/
啟動服務器
包括在tigreBrowser Web服務器必須運行，以實際使用的結果瀏覽器。
您將需要由蒂格雷 - [R包（http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html）生成的數據庫文件。此包包含一個測試數據庫文件'database.sqlite'，可用於測試tigreBrowser。使用包括在德爾蒂格雷包裝上的說明和實施例的數據生成測試數據庫。
執行tigreServer.py啟動服務器的圖形用戶界面。為了啟動瀏覽器的結果，首先必須選擇其中的結果將顯示一個數據庫文件。這可以通過選擇“打開數據庫文件'，並選擇一個數據庫文件來實現。數據庫文件必須沒有寫權限。然後，服務器可以通​​過單擊“啟動服務器”啟動。單擊時，標籤會出現下面的按鈕顯示結果瀏覽器的URL。
結果瀏覽器現在是在使用常規的Web瀏覽器的URL訪問。在使用瀏覽器的指令是在本手冊的下一節。瀏覽器是可用的，直到服務器停止使用“停止服務器”按鈕。
tigreServer.py也可以用於與一個命令行界面。以'--help'選項的更多細節的腳本。
使用瀏覽器
數據集選擇
該數據集的選擇決定了結果會在結果列表及順序可見。實驗設置選項用於選擇該組實驗。從這些實驗結果僅會顯示在列表中進行。
接下來的數據集選擇是轉錄因子（TF）或目標設置選擇，根據結果瀏覽器是否被設置為目標排名模式或調節器排名模式（參見安裝）。在目標排名模式下，TF選項可用，結果列表將包含結果與給定的TF不同的目標。在監管機構的排名模式，目標設定，選擇和上市將顯示結果不同的監管機構。
作為結果的數量可高，結果可以被劃分成多個頁。選擇“每頁的基因的數目”可以用來調整顯示的結果數。它可以是有用的，以減少的結果，如果頁面加載緩慢由於圖像的龐大數量的數量。
最後，在其中，結果表明該順序可以改變與“排序”的選擇。結果將descendingly由給定準則進行排序。
過濾
結果可以通過不同的條件進行過濾。一個也可以，例如，僅顯示結果的基因具有z得分高於一定閾值。
它可以過濾時合併多個條件。 “[+]”鏈接可用於添加其它標準。的準則可以使用同樣除去“[ - ]”鏈接（未顯示時，只有一個標準）。當使用多個條件，一個基因的結果必須符合所有標準將顯示在列表中。
過濾被激活使用“應用過濾器”複選框。
突出
如果基因在數據庫中包含的附加數據，結果可利用該數據被突出顯示。可用高亮選項顯示與相關聯的那些選項的顏色。
該突出作品展示的基因具有相匹配的選擇補充數據低於上市結果探頭名稱彩色框。
搜索
是可能的搜索結果，對於給定的基因。搜索的工作原理是輸入逗號分隔的基因或探針名稱列表的搜索框。基因別名也可以用作搜索項。
顯示結果
結果對於給定的選擇集，過濾器，亮點和搜索將被顯示在“發送”按鈕被點擊。該數據庫將被用於查詢相匹配給定的評選結果。 “重置”按鈕可以用來清除所有選擇和文本框。
結果列表中包含多個列。在第一列中的探針名顯示與所述探針相關聯的GENENAME。旁邊的基因名稱，如果是一個在數據庫中定義的基因表達的身影。下面列包含實際結果的基因。任何補充數據也顯示在這裡。實驗數據將旁邊的結果值顯示。
最後，實驗參數，如果插入到數據庫中，將顯示為一個桌子旁的數字

要求：

• 的Python