SSuMMo

SSuMMo是功能設計圍繞反复使用HMMER以序列分配到類群＆NBSP庫;結果在很大程度上註明樹顯示，社區內的物種/屬分佈。
包含源代碼程序，包括工具： -
- 建立隱馬爾可夫模型的層次數據庫 - dictify.py;
- 分配序列公認的分類名稱 - SSUMMO.py;
- 分析生物多樣性，採用辛普森，香農與其他方法 - rankAbundance.py;
- 可視化結果帶有明顯的能力，很容易交叉對比數據集進化樹 - comparative_results.py
- 轉換結果phyloxml格式：dict_to_phyloxml.py;
- 構建HTML表示 - dict_to_html.py。
- 情節稀疏曲線，並計算相應的生物多樣性指數
Python源代碼這裡提供，在谷歌代碼。 HMM模型的預構建分層數據庫，以及優化的SQL數據庫的分類法（用於推導各分類群的行列），可以從​​以下地址下載： - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
對於安裝的信息，請參考README。對於使用信息，還有一個wiki（上圖），以及初步的用戶手冊已被添加到SVN主幹

要求：

• 在Python中