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在惡性實現的多序列比對程序接近平行那些用來搜索最小長度cladograms。邏輯和程序命令會清楚那些熟悉諸如Hennig86，NONA和PAUP程序。對準拓撲是通過不同的序列構建，並通過分支交換改進。每個對準拓撲產生多重比對和cladograms從該路線的構建。最簡約的進化樹的費用，然後分配為多重比對的成本。
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