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POY是支持多個類型的數據（例如形態學，核苷酸，基因和基因區域，染色體，和全基因組）的系統發育分析程序。 POY是特定的，因為它可以執行真正的對準和系統發育推理即輸入序列需要不被預先對準。插入，缺失，和重新佈置，然後可以包括在整個樹評分下最大簡約，或根據最大似然模型。各種啟發式算法已經為此制定和POY實現。
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