新 教育和科學軟件 為 Linux

ReliaFree是一個基於Python和PyGTK的一套實用程序，以幫助在可靠性，可用性，可維護性和安全性（RAMS）分析。ReliaFree旨在成為一個開源替代專有RAMS分析解決方案 要求： ...

泥炭是一套用於捕獲，預測和分析蛋白質的生物物理特性的方案。見http://enzyme.ucd.ie/PEAT的文檔，說明，截圖等 要求： ...

罌粟是實現一個面向對象的系統建模物理光學與衍射傳播，特別是對於伸縮和日冕成像的多波長模擬一個Py​​thon模塊。眼下唯一的遠場衍射圖像和瞳孔平面之間（弗勞恩霍夫政權）的支持;菲涅爾傳播和中間平面是一個未來的目標。在STScI的，2010年至2012年開發的馬歇爾佩蘭，用於模擬詹姆斯·韋伯太空望遠鏡。文檔可以在網上找到http://www.stsci.edu/jwst/software/webbpsf/Requirements:Python...

挖洞輪車定位儀（BWA）是對齊針對長期參考序列比較短的鹼基序列，例如，人類基因組的高效程序。該軟件實現了兩個算法，BWA-短期和BWA-SW。前者作品查詢序列比200bp的短，達到約100kbp後者為更長的序列。兩種算法做跳空對齊。它們通常更精確和更快的具有低錯誤率的查詢。請參閱BWA手冊頁了解更多信息。 BWA是否對齊454讀取？＆NBSP;是的，沒有。 BWA的BWA-SW部分運作良好，在454讀取約200個基點以上。它實現了類似的對準精度來SSAHA2而快得多。...

SSuMMo是功能設計圍繞反复使用HMMER以序列分配到類群＆NBSP庫;結果在很大程度上註明樹顯示，社區內的物種/屬分佈。包含源代碼程序，包括工具： - - 建立隱馬爾可夫模型的層次數據庫 - dictify.py; - 分配序列公認的分類名稱 - SSUMMO.py; - 分析生物多樣性，採用辛普森，香農與其他方法 - rankAbundance.py; - 可視化結果帶有明顯的能力，很容易交叉對比數據集進化樹 - comparative_results.py -...

ANTZ是一個互動的實時三維數據可視化軟件的複雜系統的認識。把它看成是“電子表格滿足網絡空間。”身臨其境的多維空間為基礎的環境，實時分析和決策。能夠存儲的數據與源活時間敏感的情況下結合。這是件好事尋找諺語“大海撈針”。視覺環境使得更有效的機制，以確定的模式和關係。數據字段映射到參數如幾何形狀，透明性，速度和位置。基於形狀，顏色，大小和質地的空間提示使用戶能夠識別關鍵圖案。最終的目標是關閉的用戶和被稱為計算機強大的邏輯引擎之間的認知循環...

Gmatch是用於使用Groth的方法相匹配的目錄的工具。樣品使用＆NBSP;從>>>進口gmatch gmatch＆NBSP; >>>＃負載從某處CAT1和CAT2＆NBSP; >>>＃他們numpy的數組＆NBSP; >>>＃N行，2列＆NBSP; >>> cat1.shape＆NBSP;（20，2）＆NBSP; >>> cat2.shape＆NBSP;（20，2）＆NBSP; >>>匹配= gmatch（CAT1，CAT2，EPS = 1E-3）＆NBSP;...

的距離是一個Python的工具，它提供了簡單的距離算法歐幾里德和Pearson相關 要求： ...

COBE（商業道德準則）是一個會話模擬器，MegaHAL的數據庫支持的端口。它的靈感來自Hailo的成功：http://blogs.perl.org/users/aevar_arnfjor_bjarmason/2010/01/hailo-a-perl-rewrite-of-megahal.html我們的目標是相似的：磁盤上的數據存儲較低的內存使用情況，對Unicode的更好的支持，和一般的穩定性。你可以閱讀原MegaHAL這裡：http://megahal.alioth.debian.org/How.htm...

蝦虎魚是用蝦虎魚下一代數據管理框架創建用於讀取二進制數據文件的Python API。通常情況下，這個目錄當屬完整的蝦虎魚包的一部分，可從：＆NBSP; HTTP：//goby.campagnelab.org/完整的軟件包包括Java源代碼。如果從PyPI上或其他一些Python特定的源下載這個包，你可能已經收到的代碼只有Python的一部分。開發警告該蝦虎魚Python庫並不像成熟的Java實現。它可能是更不穩定的，並非意在提供一套完整的被發現在Java版本的功能。安裝：＆NBSP;...