必須有 生物信息學 為 Linux

蝦虎魚是用蝦虎魚下一代數據管理框架創建用於讀取二進制數據文件的Python API。通常情況下，這個目錄當屬完整的蝦虎魚包的一部分，可從：＆NBSP; HTTP：//goby.campagnelab.org/完整的軟件包包括Java源代碼。如果從PyPI上或其他一些Python特定的源下載這個包，你可能已經收到的代碼只有Python的一部分。開發警告該蝦虎魚Python庫並不像成熟的Java實現。它可能是更不穩定的，並非意在提供一套完整的被發現在Java版本的功能。安裝：＆NBSP;...

HTSeq是一個Python框架來處理和分析來自高通量測序數據（HTS）測定 要求： <...

Jmol 是一個開源，跨平台和免費的圖形軟件，最初設計用作3D化學結構的分子查看器。它以四種獨立模式運行，如HTML5...

LSim疊加大分子電子密度和計算的結構相似性得分。其計算線性擴展與分子的大小進行比較。的LSim路線在概念上是無關的生化結構元件，因此，是無偏和適當的用於結構只蛋白相似的研究。安裝方式：解壓縮分發文件：焦油-xzvf lsim-linux.tar.gz移動到文件目錄：CD lsim.1.0.0複製，移動或可執行文件lsim鏈接到一個合適的位置 - 和確保lsim是通過PATH環境可變，例如訪問：CP lsim的/ usr / local /...

MacMolPlt是一個現代化的圖形程序繪製三維分子結構和正常模式（振動）。現代化的手段：...

MACS2是基於模型的分析工具的ChIP-SEQ數據。用的測序技術的改善，染色質免疫沉澱，隨後通過高通量測序（芯片起）越來越流行，研究的全基因組蛋白-DNA相互作用。為了解決缺乏強大的芯片序列分析方法，提出了一種新的算法，命名為芯片-SEQ（MACS）基於模型的分析，確定談話因子結合位點。 MACS捕獲的基因組的複雜性，以評估富集芯片區域的意義的影響，和MACS提高了通過結合兩種測序標籤的位置和方向的信息的結合位點的空間分辨率。 。MACS可以很容易地用於芯片序列數據單獨或與具有特異性的增加控制樣品 ...

massXpert質譜包是線性的（生物）聚合物質譜環境。它繼承了GNU polyxmass的所有的創新，因為它是一個項目一個跨平台開發環境的端口 什麼在此版本中是新的： 的XpertMiner模塊的改進，使處理列表更容易; 計算一個大的聚合物與低分辨率...峰形不會在重心平均價值為中心。的同位素簇時，這似乎修正錯誤的計算由一個全光譜模擬功能，它允許一個來計算譜（任選地與所有的同位素簇）通過給定的聚合物的裂解得到的低聚物的列表的基礎上; 同上，但計算了一組從化學式啟動M / z比後;...

MetagenomeDB是一個Python庫設計，易於存儲，檢索和宏基因組註釋和序列NBSP;。MetagenomeDB可作為對MongoDB數據庫之上的抽象層。它提供了一個API來創建和修改，並連接兩種類型的對象，即序列和集合：＆NBSP; *序列（序列類）可以讀，重疊群，PCR克隆等。＆NBSP;...

MISO（異構體的混合物）是用Python編寫的概率框架，進行定量的表達水平與NBSP;從RNA測序數據的選擇性剪接基因，並確定整個樣本差異調節亞型或外顯子。通過模擬的生成過程，其中讀取來自於RNA測序亞型的生產，從MISO模型使用貝葉斯推斷來計算該讀出來自一個特定同種型的概率。MISO使用的讀操作亞型定量底層一套替代mRNA異構體的豐度的推斷分配。置信區間過度估計可以得到的，其量化所述估計值的可靠性。請參閱http://genes.mit.edu/burgelab/miso/docs/的MISO手動和文檔...

mpiBLAST是一個基於MPI並行實現NCBI BLAST的。該項目包括的一對替代FORMATDB和blastall與執行BLAST作業並行安裝了MPI的計算機集群上的版本方案。有兩個主要的優勢，使用mpiBLAST與傳統的BLAST。首先，mpiBLAST分割在每個節點的數據庫集群中。因為數據庫的每個節點的段是較小它通常可以駐留在緩衝區緩存，得到顯著加速由於消除的磁盤I /...