必須有 生物信息學 為 Linux

ProteinShop是用於操縱蛋白質結構的交互式工具。它被設計用來快速創建使用人類的知識和直覺一組蛋白質配置。這些配置可以進行局部或全局優化。雖然ProteinShop不進行全局優化過程本身，它提供了一個框架可用於與一個全局優化過程互動這可能是一個遠程計算機上運行。ProteinShop提出了三種級別的功能Ⅰ級：顯示一個三維的蛋白質結構...

pyNetConv是為了幫助一些網絡文件格式轉換一個Python庫。自從0.6版本，pyNetConv能夠讀/寫（和轉換/於）以下文件格式：...

Pysam是閱讀和操作Samfiles＆NBSP一個Python模塊;它是samtools C-API的輕量級封裝。快速入門指南是在這裡。更詳細的文檔可以在這裡找到。問題和意見都非常歡迎，並應發送給該用戶pysam組http://groups.google.com/group/pysam-user-groupWhat是新的本新聞稿中： 在samtools 0.1.8和TABIX支持 要求： ...

PySCeS是由三重-J組的分子細胞生理學＆NBSP開發的項目;以盡量模型和理解複雜的流程和系統，從而彌補了活細胞 特點： 在一個基於文本的模型描述語言在結構分析模塊。在集成的實時仿真在非線性求解器穩態分析進行代謝控制分析模塊對於表現出多穩態系統的一個分支模塊在各種額外的參數掃描，數據輸出和打印utilites。在動態模塊加載框架。在SBML導入和導出功能。 要求： ...

reciprocal_smallest_distance是使用全局序列比對和序列之間的最大似然進化距離準確地檢測基因組之間的同源基因成對直向算法。安裝從壓縮包下載並解壓最新版本github上：CD〜捲曲-L https://github.com/downloads/todddeluca/reciprocal_smallest_distance/reciprocal_smallest_distance-VERSION.tar.gz...

RFLP策劃者是一個工具，幫助規劃一個RFLP實驗：它發現的限制酶，切斷了一套以不同的方式同源的DNA序列，並模擬所產生的凝膠 -...

印章是一個Python模塊，提供Hadoop的序列比對。密封的MapReduce的應用生物序列比對。它運行在Hadoop（http://hadoop.apache.org）通過Pydoop（http://pydoop.sourceforge.net），一個用於Hadoop的Python的MapReduce和HDFS API。 要求： ...

seriesoftubes是一個擴展的管道的Solexa芯片起的數據。包文件 要求...

構建類似於make系統經常用於創建複雜的工作流程，如在生物信息學和NBSP; snakemake旨在通過提供一個乾淨的和現代的特定領域的規範語言（DSL）在python風格使創建工作流程的複雜性，以及快速，舒適的運行環境。安裝 - 在Ubuntu 12.04中，可以安裝Debian軟件包python3-snakemake可在我們啟動板庫。 - 在其他系統上，你需要的Python> = 3.2的安裝工作。根據您的系統，您可以通過發出任何的easy_install...

SSuMMo是功能設計圍繞反复使用HMMER以序列分配到類群＆NBSP庫;結果在很大程度上註明樹顯示，社區內的物種/屬分佈。包含源代碼程序，包括工具： - - 建立隱馬爾可夫模型的層次數據庫 - dictify.py; - 分配序列公認的分類名稱 - SSUMMO.py; - 分析生物多樣性，採用辛普森，香農與其他方法 - rankAbundance.py; - 可視化結果帶有明顯的能力，很容易交叉對比數據集進化樹 - comparative_results.py -...