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FlexS預測相對於另一個的配位體中的一個的構象和取向。在FlexS基準配體被假設為剛性的，因此，它應該在的構象，它類似於結合狀態進行說明。在FlexS疊加算法只需要很少的人工干預。您可以通過手動進行單步整合這方面的知識到計算與FlexS。因此，FlexS設計用於配位體對，以及用於配位體為基礎的虛擬篩選的交互工作。 FlexS的兩個主要應用是配體超定位（如：為的CoMFA / QSAR）和虛擬篩選。如果你有一個蛋白和小分子結合到它（所謂的引用 - 配體），但蛋白質的結構沒有，你可以採取參考結構的活性位點的負指紋。 FlexS通過對準它們決定了測試和參考結構之間的相似性。在虛擬篩選，你有一個參考配體和一組化合物和你感興趣的化合物進行實驗測試優先。
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