Biopython

開發的開發人員組成的國際團隊是一個分佈式協作開發Python庫以及解決當前和未來的工作生物信息學的需求的應用程序。

什麼是新的的此版本：

• 在Bio.Phylo現在有樹的建設和共識的模塊，從編程之夏的工作由煙波燁
• 在Bio.Entrez會自動下載並緩存新NCBI DTD文件XML用戶的主目錄下的解​​析（使用〜/ .biopython在Unix類系統，和$ APPDATA / biopython在Windows上）。
• 在Bio.Sequencing.Applications現在包括一個包裝的samtools命令行工具。
• 在Bio.PopGen.SimCoal現在還支持fastsimcoal。
• 在SearchIO來hmmer3文本，hmmer3選項卡，並hmmer3-domtab現在支持輸出hmmer3.1b1。
• 在BioSQL現在可以使用使用mysql-connector包（可用於Python 2，3和PyPy）作為替代MySQLdb的（Python的2只）連接到MySQL數據庫。

什麼是在1.63版本新：

• 現在，使用內置的Python 3風格下一個功能地方Python的2風格的迭代器'。接下來的（）方法。
• 在目前的版本中刪除了2to3的庫的要求。

什麼是在1.62版本新：

• 在Biopython首次發布其正式支持Python 3

什麼在1.60版本新：

• 在新模塊Bio.bgzf支持讀取和寫入BGZF文件（受阻的GNU zip格式），GZIP的變體具有高效的隨機存取，最常用作在BAM的文件格式，並在TABIX一部分。
• 在被GenBank / EMBL解析器現在請上無法識別的功能位置發出警告，並繼續解​​析（離開功能的位置無）。
• 在該Bio.PDB.MMCIFParser現在是默認編譯（但仍是沒有根據的Jython，PyPy或Python 3可用）。

什麼在1.59版本新：

• 在新模塊Bio.TogoWS提供包裝的TogoWS REST API。
• 在該NCBI Entrez的提取功能Bio.Entrez.efetch已更新處理NCBI的嚴格處理多個ID論據EFetch 2.0。

什麼是在1.58版本新：

• 在為PAML一個新的接口和解析器（系統發育分析最大似然）封裝的方案，支持codeml，baseml和yn00以及一個Python重新實現χ2的溶液中加入作為Bio.Phylo.PAML模塊。
• 在Bio.SeqIO現在包括ABI文件閱讀支持（＆QUOT;桑格＆QUOT;毛細管測序跟踪文件，與PHRED素質含有稱為序列）
。
• 在該Bio.AlignIO＆QUOT; FASTA-M10＆QUOT;分析器進行了更新，以配合標記線在比爾Pearson的FASTA版本3.36中使用。

什麼在1.57版本新：

• 在Biopython現在可以使用PIP安裝

什麼是在1.56版本新：

• 在該Bio.SeqIO模塊已被更新，以支持蛋白質EMBL文件（用於專利數據庫），IMGT文件（EMBL文件格式的一個變型中，與來自烏里Laserson幫助），和的UniProt XML文件。

什麼是在1.55版本新：

• 在大量的工作一直對Python的支持3（經在這個腳本），但除非我們打破了東西，你應該不會注意到任何變化。
• 在新特性方面，最引人注目的亮點是，命令行工具應用程序的包裝類，現在的可執行文件，它應該能夠更容易調用外部工具。

要求：

• 在Python的2.6或更高版本