snakemake

構建類似於make系統經常用於創建複雜的工作流程，如在生物信息學和NBSP; snakemake旨在通過提供一個乾淨的和現代的特定領域的規範語言（DSL）在python風格使創建工作流程的複雜性，以及快速，舒適的運行環境。
安裝
- 在Ubuntu 12.04中，可以安裝Debian軟件包python3-snakemake可在我們啟動板庫。
- 在其他系統上，你需要的Python> = 3.2的安裝工作。根據您的系統，您可以通過發出任何的easy_install snakemake或者在命令行easy_install3 snakemake然後安裝snakemake。如果您沒有管理員priviledges，看看的easy_install的說法--user。
- 最後，snakemake可以手動一封來自PyPI下載源代碼壓縮安裝。
用法
Snakemake提供了一個簡單的DSL來描述，在隨後的幾個步驟中創建文件的工作流程：
樣本= [“01”，“02”]
＃選擇定義目錄所在的工作要完成。
WORKDIR：“路徑/到/ WORKDIR”
＃類似之作，定義作為構建目標假規則。
排除一切：
＆NBSP;輸入：“diffexpr.tsv”，...
治總結一下：
＆NBSP;輸入：“{}樣品.mapped.bam”.format（樣品= S），用於在取樣S
＆NBSP;輸出：“diffexpr.tsv”
＆NBSP;兼營：
＆NBSP;＃...提供一些Python代碼，產生從輸入文件的輸出
＆NBSP;＃例如。通過索引訪問輸入文件
＆NBSP;輸入[1]
＆NBSP;＃訪問通配符值
＆NBSP; wildcards.sample
＆NBSP;＃輕鬆運行自動使用默認的shell，同時具有直接訪問shell命令
＆NBSP;＃通過格式minilanguage所有本地和全局變量
＆NBSP;線程= 6
＆NBSP;外殼（“somecommand --threads {主題} {輸入[0]} {輸出[0]}”）
治map_reads：
＆NBSP;＃指定名稱的輸入和輸出文件
＆NBSP;輸入：讀取=“{}樣品.fastq”，hg19 =“hg19.fasta”
＆NBSP;＃標記輸出文件是寫保護後創造
＆NBSP;輸出：映射=保護（“{}樣品.mapped.sai”）
＆NBSP;＃（可選）定義的顯示，而不是在執行規則的通用規則說明信息：
＆NBSP;消息：“映射到讀取{} input.hg19”
＆NBSP;主題：8
＆NBSP;外殼：
＆NBSP;＃直接提供外殼命令（在多或單行字符串）如果不需要Python語法。
＆NBSP;＃再次，全局和局部變量，可以通過格式minilanguage訪問。
＆NBSP;＃此外，可以指定規則使用的線程數。該snakemake調度確保規則與運行的線程的指定數量如果有足夠的核心是通過-j命令行選項可用。
＆NBSP;“，”“
＆NBSP; BWA的AlN -t {主題} {input.hg19} {} input.reads> {} output.mapped
＆NBSP;有的 - 其它--command
＆NBSP;“，”“
給予“Snakefile”這樣的語法，工作流可以通過issueing執行（例如，使用多達6個並行處理）：
＆NBSP; snakemake -j6 -s Snakefile
欲了解更多詳細信息，請參見教程

特點：

• 在寫規則如何創建輸出定義的文本方式的工作流程從輸入文件的文件在一個簡單的基於Python的語法。相反，GNU使（這主要是構建系統），snakemake允許規則以創建多個輸出文件。
• Snakemake自動計算其需要的規則被執行以產生所需的輸出。
• 在這兩個外殼根據規則以及規則裡面全Python語法的支持。 shell命令可以直接訪問所有本地和全局變量的蟒蛇。
• 在像GNU做，snakemake可以盡可能安排平行的規則執行。此外，除規則並行可以與幀內規則並行進行組合（例如，線程）和snakemake確保用過的內核的數量不超過所述給定值。
• 在文件可以標記為臨時的（不需要任何更多也就是說，它們可以被刪除一次）或受保護的（也就是說，它們將被寫在創建後的保護）。
• 在輸入和輸出文件可以包含多個命名通配符。
• 在輸入和輸出文件可以被命名為使解決這些規則裡面變得得心應手。
• 系統的map-reduce一樣的功能是通過使用便於閱讀Python列表理解語法來完成的。
• 作為一個實驗性的功能，可以snakemake集群上通過指定提交命令（如使用qsub為的Sun Grid Engine）上運行。

要求：

• 在Python中