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MultiGeneBlast是基於一個格式化NCBI GenBank中蛋白質條目的FASTA頭，使用它可以跟踪它們的源核苷酸和坐標的開源工具。 MultiGeneBlast可以以這樣的多基因的部分用於合成生物學項目的檢測輔助。操縱子的合成庫可以根據它的輸出，以確定那些操縱子，其功能是最接近的一個期望由用戶創建的。此工具提供了機會，通過組合單個BLASTP的結果，以確定所有的同源基因組區域運行在每個基因上，並從任何GenBank登記項由命中件數，同線性養護，並累積稻瘟病比特得分排序的基因組區域。架構搜索可以被執行以發現任何基因組區域與高爐命中與氨基酸序列中的任何用戶指定的組合。
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