Jmol

Jmol 是一個開源，跨平台和免費的圖形軟件，最初設計用作3D化學結構的分子查看器。它以四種獨立模式運行，如HTML5 Web應用程序，Java程序，Java小程序和“無頭”服務器端組件。

主要功能包括高性能3D渲染支持，無需任何高端硬件，將文件導出為JPG，PNG，GIF，PDF，WRL，OBJ和POV-Ray格式，支持基本單元格，支持RasMol和Chime腳本語言，以及JavaScript庫。

此外，該軟件還支持動畫，曲面，振動，軌道，測量，對稱和單位單元操作以及原理圖形狀。

目前，該應用程序支持多種文件格式，其中我們可以提到MOL MDL，V3000 MDL，SDF MDL，CTFile MDL，CIF，mmCIF，CML，PDB，XYZ，XYZ + vib，XYZ-FAH， MOL2，CSF，GAMESS，Gaussian，MM1GP，HIN HIN / HIV，MOLPRO和MOPAC。

此外，還支持CASTEP，FHI，VASP，ADF，XSD，AGL，DFT，AMPAC，WebMO，PSI3，CRYSTAL，MGF，NWCHEM，odydata，xodydata，QOUT，SHELX，SMOL，GRO，PQR和JME

支持所有主要的網絡瀏覽器

該軟件已成功通過所有主要網絡瀏覽器測試，包括Mozilla Firefox，谷歌瀏覽器，Internet Explorer，Opera和Safari。上述瀏覽器應用程序已經在所有主流操作系統上進行了測試（請參閱下一節支持操作系統）。

Jmol是一種獨立於平台的應用程序，採用Java編程語言編寫，旨在支持所有GNU / Linux發行版，Microsoft Windows和Mac OS X操作系統以及安裝Java Runtime Environment的任何其他操作系統。 / p>

此版本中的新功能：

• 錯誤修復：Jmol SMILES不允許插入代碼搜索 - 添加“ ^＆QUOT;插入代碼：[G＃129 ^ A。*]

版本中的新功能：

• 錯誤修復：Jmol SMILES不允許插入代碼搜索 - - 添加“^”插入代碼：[G＃129 ^ A。*]

版本14.20.3中的新功能：

• 錯誤修復：Jmol SMILES不允許插入 - 代碼搜索 - 添加“^”插入代碼：[G＃129 ^ A。*]

版本14.6.5中的新功能：

• 錯誤修復：Jmol SMILES不允許插入代碼搜索 - 添加“^”插入代碼：[G＃129 ^ A。*]

版本14.6.1中的新功能：

• 錯誤修復：Jmol SMILES不允許插入 - 代碼搜索 - 添加“^”插入代碼：[G＃129 ^ A。*]

版本14.4.4 Build 2016.04.22中的新功能：

• 錯誤修復：註釋原子集沒有根據添加的氫進行調整
• 錯誤修復：14.3.3_2014.08.02破壞了mmCIF讀者
• 錯誤修復：在14.1.12_2014.03.18中打破BinaryDocument（斯巴達文件）閱讀

版本14.4.4 Build 2016.04.14中的新功能：

• 錯誤修復：註釋原子集沒有根據添加的氫進行調整
• 錯誤修復：14.3.3_2014.08.02破壞了mmCIF讀者
• 錯誤修復：在14.1.12_2014.03.18中打破BinaryDocument（斯巴達文件）閱讀

版本14.4.4 Build 2016.03.31中的新功能：

• 錯誤修復：註釋原子集沒有根據添加的氫進行調整
• 錯誤修復：14.3.3_2014.08.02破壞了mmCIF讀者
• 錯誤修復：在14.1.12_2014.03.18中打破BinaryDocument（斯巴達文件）閱讀

什麼是新的：

• 錯誤修復：註釋原子設置未針對添加的氫進行調整
• 錯誤修復：14.3.3_2014.08.02破壞了mmCIF讀者
• 錯誤修復：在14.1.12_2014.03.18中打破BinaryDocument（斯巴達文件）閱讀

版本14.4.3 Build 2016.02.28中的新功能：

• 錯誤修復：註釋原子集沒有根據添加的氫進行調整
• 錯誤修復：14.3.3_2014.08.02破壞了mmCIF讀者
• 錯誤修復：在14.1.12_2014.03.18中打破BinaryDocument（斯巴達文件）閱讀

版本14.4.2 Build 2016.02.05中的新功能：

• 錯誤修復：註釋原子集沒有根據添加的氫進行調整
• 錯誤修復：14.3.3_2014.08.02破壞了mmCIF讀者
• 錯誤修復：在14.1.12_2014.03.18中打破BinaryDocument（斯巴達文件）閱讀

版本14.4.0 Build 2015.12.02中的新功能：

• 錯誤修復：註釋原子集沒有根據添加的氫進行調整
• 錯誤修復：14.3.3_2014.08.02破壞了mmCIF讀者
• 錯誤修復：在14.1.12_2014.03.18中打破BinaryDocument（斯巴達文件）閱讀

版本14.2.15中的新功能：

• 錯誤修復：註釋原子設置未針對添加的氫進行調整
• 錯誤修復：14.3.3_2014.08.02破壞了mmCIF讀者
• 錯誤修復：在14.1.12_2014.03.18中打破BinaryDocument（斯巴達文件）閱讀

版本14.2.13中的新功能：

• 錯誤修復：註釋原子集未針對添加進行調整氫
• 錯誤修復：14.3.3_2014.08.02破壞了mmCIF讀者
• 錯誤修復：在14.1.12_2014.03.18中打破BinaryDocument（斯巴達文件）閱讀

版本14.2.12中的新功能：

• 錯誤修復：註釋原子集未針對添加進行調整氫
• 錯誤修復：14.3.3_2014.08.02破壞了mmCIF讀者
• 錯誤修復：在14.1.12_2014.03.18中打破BinaryDocument（斯巴達文件）閱讀

版本14.1.8 Beta中的新內容：

• 新功能 - 設置cartoonRibose：
• 吸入核糖環，刻面顯示褶皺
• 明確地通過C4'-C5'-O5'-P連接
• 顯示C3'-O3'以供參考。
• 禁用cartoonBaseEdges（Leontis-Westhof Edges）
• 由SET cartoonBaseEdges ON
禁用
• 俄亥俄州立大學Rick Spinney建議
• 新功能：動畫幀[a，b，c，d]使用負數表示範圍：
• 動畫幀[1，-5,10，-6] - ＆gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
• 讀作“1到5然後10到6”
• 新功能：Tinker文件閱讀器（和FoldingXYZ閱讀器升級）：
• 可以使用Tinker ::但只有在第一行是JUST an atomCount
時才需要這樣做
• 適用於舊的Tinker格式，其中n-1個原子用於atomCount
• 允許軌跡和所需的型號
• 新功能:(實際上是13.1但未記錄）動畫幀[51 50 49 48 47 46 45（等）27 1 2 3 4 5 6 7（等）....]
• 新功能：x = compare（{atomset1}，{atomset2}，＆quot; MAP＆quot;）
• 新功能：x = compare（{atomset1}，{atomset2}，＆quot; MAP＆quot;，＆quot; all＆quot;）
• 新功能：x =比較（{atomset1}，{atomset2}，＆quot; MAP＆quot;，“best＆quot;”
• 新功能：x = compare（{atomset1}，{atomset2}，＆quot; MAP＆quot;，＆quot; H＆quot;）
• 新功能：x = compare（{atomset1}，{atomset2}，＆quot; MAP＆quot;，＆quot; allH＆quot;）
• 新功能 - x = compare（{atomset1}，{atomset2}，“MAP＆quot;”，“bestH”）：
• 基於非芳香SMILES生成一個或多個相關性列表
• 任選地包括H原子
• 可選地生成所有可能的原子映射
• 返回int [] [] = [[a1 b1]，[a2 b2]，[a3 b3]，...]
• 其中a和bn是整數原子索引或列出“all”時的列表選擇了選項。
• 以下將為包括氫原子的兩個結構生成一個原子相關性圖：加載文件“a.mol”。 ＆QUOT; b.mol＆QUOT; x =比較（{1.1} {2.1}“MAP”＆quot; H“）
• 以下將NCI中的咖啡因模型與PubChem中的咖啡因模型進行比較：
• load $ caffeine; load append：caffeine; frame *
• 選擇2.1;標籤％[atomIndex]
• compare {1.1} {2.1} SMILES rotate translate
• x =比較（{1.1}，{2.1}，＆quot; MAP＆quot;＆quot; bestH＆quot;）
• for（a in x）{a1 = a [1]; a2 = a [2]; select atomindex = a1; label @ a2}
• 新功能：比較{model1} {model2} SMILES：
• 無需給予SMILES; Jmol可以從{model1}
生成它
• 新功能：x = {*}。find（＆quot; SMILES＆quot;，＆quot; H＆quot;）：
• 生成具有顯式H原子的SMILES
• bug修復：substructure（）函數使用SMILES而不是SMARTS，所以只有完整的結構;
• 錯誤修復：更好的錯誤捕獲和SMILES相關方法中的消息
• 錯誤修復：讓webexport發現Jmol.jar和jsmol.zip的路徑更加健壯。
• 錯誤修復：getProperty extractModel不尊重子集
• 錯誤修復：設置pdbGetHeader TRUE不捕獲REMARK3 REMARK290 REMARK350
• 錯誤修復：getProperty（＆quot; JSON＆qu​​ot;，....）應將值包裝在{value：...}
• 錯誤修復：在11.x
中破壞了MO持久性半透明度
• 錯誤修復：顯示MENU寫入MENU加載菜單全部在12.2中打破
• 錯誤修復：如果nAtoms
，{*} [n]應為空

版本14.0.7中的新功能：

• 錯誤修復：14.0.6致命錯誤 - unitcell和echo rendering，getProperty

14.0.5版中的新功能：

• 錯誤修復：LCAOCartoon半透明損壞
• 錯誤修復：半透明骨幹破碎
• 錯誤修復：pqr，p2n讀者壞了
• 錯誤修復：如果surface是一個片段（某種程度上）有一個與基礎原子無關的點，則isosurface map屬性xxx可能會失敗。

版本14.1.5 Beta中的新功能：

• 錯誤修復：LCAOCartoon半透明損壞
• 錯誤修復：半透明骨幹破碎
• 錯誤修復：pqr，p2n讀者壞了
• 錯誤修復：isosurface map屬性xxx可能會失敗，如果surface是一個片段（某種程度上）有一個與底層原子無關的點。

版本14.0.4中的新功能：

• 錯誤修復：火箭發生故障
• Bug修復：PDB byChain，bySymop不受支持。

14.0.2版中的新功能：

• 錯誤修正：調製無法區分q和t;
• 錯誤修復：調製測量不起作用
• 錯誤修復：沒有跳過設置defaultLattice＆quot; {NaN NaN NaN}＆quot;
• 錯誤修復：isosurface map原子軌道失敗
• 錯誤修復：距離調製的振動顯示不會更新
• 錯誤修復：振動關閉會導致控制台中出現不必要的警告
• 錯誤修復：繪製symop破碎
• 錯誤修復：array.mul（matrix3f）崩潰了Jmol
• 錯誤修復：選擇symop = 1555 broken
• 錯誤修復：設置選擇拖動選擇不起作用
• 代碼：重構的CifReader，分離出MMCifReader和MSCifReader代碼：SV中方法的重命名/重構
• code：添加javajs.api.JSONEncodable接口
• org.jmol.script.SV中的超級簡單實現
• 允許javajs的實現提供自定義JSON結果

版本14.1.2 Beta中的新功能：

• 新功能：JavaScript：JSmol api Jmol.evaluateVar（applet，expression）：
• 優於Jmol.evaluate，因為結果是JavaScript變量，而不是字符串。
• 棄用JSmol api Jmol.evaluate（小程序，表達）
• 新功能：getProperty（＆quot; JSON＆qu​​ot;，....）：
• 返回屬性
的JSON代碼
• 允許JavaScript：x = Jmol.getPropertyAsArray（＆quot; variableInfo＆quot;，＆quot; some expression＆quot;）
• 新功能：getProperty variableInfo：
• 允許以Java或JSON格式檢索變量
• 評估表達式
• 默認為“all”
• 新功能：調製可通過q和t調整，最高可達d = 3：
• 調製開/關（所有原子）
• moduation {atom set} on / off
• modulation int q-offset
• modulation x.x t-offset
• modulation {t1 t2 t3}
• modulation {q1 q2 q3} TRUE
• 新功能：pickedList：
• 最近拾取的原子的有序數組
• 可以與PICKED變量使用相同，但是按順序排序，而不是暫時排序
• 兩次點擊結構清除列表
• @ {pickedList} [0]最後挑選的原子
• @ {pickedList} [ - 1] next-to-last-picking atom
• @ {pickedList} [ - 1] [0]最後兩個拾取的原子
• 新功能：array.pop（），array.push（） - 類似於JavaScript
• 新功能：調製比例x.x
• 新功能：標題“xxxxx” x.x - 運行的秒數
• 新功能：調製0.2 //設置t值
• 新功能：array.pop（），array.push（x）
• a = []; a.push（＆quot; testing＆quot;）; print a.pop（）
• 新功能：選擇ON / OFF atom-set：
• 打開或關閉選擇光暈以及進行選擇
• 僅限便利
• 新功能：pt1.mul3（pt2）：
• 返回{pt1.x * pt2.x，pt1.y * pt2.y，pt1.z * pt2.z}
• 如果兩者都不是積分，則恢復為簡單乘法
• new reature：array.mul3（pt2） - 將mul3應用於數組的所有元素
• 新功能：{atomset} .modulation（type，t）：
• 提供P3（位移調製）
• 僅針對type =＆quot; D＆quot;實現（可選）
• 默認情況下，可選t為0
• 錯誤修正：調製無法區分q和t;
• 錯誤修復：調製測量不起作用
• 錯誤修復：沒有跳過設置defaultLattice＆quot; {NaN NaN NaN}＆quot;
• 錯誤修復：isosurface map原子軌道失敗
• 錯誤修復：距離調製的振動顯示不會更新
• 錯誤修復：振動關閉會導致控制台中出現不必要的警告
• 錯誤修復：繪製symop破碎
• 錯誤修復：array.mul（matrix3f）崩潰了Jmol
• 錯誤修復：選擇symop = 1555破解錯誤修復：設置選擇拖動選擇不起作用
• 代碼：重構的CifReader，分離出MMCifReader和MSCifReader
• 代碼：SV中方法的次要重命名/重構
• code：添加javajs.api.JSONEncodable接口：
• org.jmol.script.SV中的超級簡單實現
• 允許javajs的實現提供自定義JSON結果

14.0.1版中的新功能：

• 新功能：Jmol._j2sLoadMonitorOpacity（默認為55）
• 新功能：load（）函數，如在print load（＆quot; xxx＆quot;）中，applet中有限的本地文件讀取：
• 沒有根目錄文件
• 沒有沒有擴展名的文件
• 沒有任何帶有“/.&”的文件在路徑
• 新功能：安全簽名的JAR文件
• 新功能：applet JAR文件包含用於本地文件加載的JNLP（Java網絡啟動協議）
• 新功能：JSmol網址選項_USE = _JAR = _J2S =覆蓋信息數據
• 新功能:(已存在但未記錄）print四元數（[四元數組]） - 返回球形意味著a la Buss和Fillmore
• 新功能：print quaternion（[array of quaternions]，true）：
• 返回球面平均值a la Buss和Fillmore
的標準偏差
• 單位是角度
• 新功能 - 命名四元數模數值：
• print quaternion（1,0,0,0）％＆quot; matrix＆quot;
• 選項包括w x y z normal eulerzxz eulerzyz vector theta axisx axisy axisz axisangle matrix
• ew feature - set celShadingPower：
• 設定cel陰影強度
• 整數值
• 默認10是粗線
• 5是一條細線
• 0關閉cel陰影
• 負值會刪除內部陰影 - 僅限輪廓
• 基於法線到光源（功率> 0）或用戶（功率＆lt; 0）對像素進行操作
• 當normal_z＆lt;時，將顏色設置為背景對比度（黑色或白色）。 1 - 2 ^ - （| celShadingPower | / 10）
• 新功能：mmCIF閱讀報告Jmol腳本控制台中的_citation.title
• 新功能：最小化SELECT {atomset} ONLY - ONLY選項排除所有其他原子
• 新功能：最小化{atomset} - 隱式SELECT和ONLY
• 新功能 - “擴展程序” JSmol中用於提供JS和SPT腳本的目錄：
• jsmol / JS / EXT
• jsmol / SPT / EXT
• 新功能：加載...過濾器“ADDHYDROGENS” - 本地設置pdbAddHydrogens僅用於一個加載命令
• 新功能：比較{1.1} {2.1} BONDS SMILES
• 新功能：list = compare（{atomset1} {atomset2}＆quot; SMILES＆quot;＆quot; BONDS＆quot;）
• 新功能：編寫JSON xxx.json
• 新功能：[＃210] JSON {＆quot; mol＆quot;：}}讀者
• ew feature - set particleRadius：
• 原子半徑超過最大半徑值（16.0）
• 默認為20.0
• 新功能 - CIF和PDB過濾器“BYCHAIN”和“BYSYMOP”用於病毒顆粒化：
• 每個鍊或每個symop只創建一個原子
• 尺寸可以使用例如：
大於16埃的最大尺寸
• 設置particleRadius 30;
• spacefill 30; //這裡任何超過16的數字都使用particleRadius而不是
• 新功能：list = compare（{atomset1} {atomset2} SmartsString＆quot; BONDS＆quot;）
• 新功能：symop（）函數允許PDB和mmCIF的生物分子過濾器對稱
• 新功能 - isosurface SYMMETRY：
• 將對稱運算符應用於isosurface
• 更有效的渲染和創作
• 默認選擇僅為{symop = 1}
• 默認著色是根據propertyColorScheme
通過symop著色
• 例如：
• 加載1stp過濾器“biomolecule 1”
• color property symop
• isosurface sa resolution 0.8 symmetry sasurface 0
• 新功能 - 新原子屬性：chainNo：
• 每個模型從1開始順序排列;
• chainNo == 0表示“無鏈”。或chain =''
• 新功能 - new propertyColorScheme＆quot; friendly＆quot;：
• 色盲友好配色方案
• 在RCSD
使用
• 新功能：JSpecView完全沒有Java;包括2D nmr和PDF光譜打印
• 新功能 - WRITE PDF＆quot; xxx.pdf＆quot;質量＆gt; 1請求橫向模式：
• 使用高效的自定義PDF創建類
• 尺寸圖像以適合（如果太大）
• 新功能：JSpecView為JavaScript添加PDF和2D NMR
• 新功能：加載＆quot; == xxx＆quot;過濾器“NOIDEAL” - 使用“非理想”的PDB從PDB加載化學組分。坐標集
• 錯誤修復：寫入CD已刪除; ChemDoodle改變了格式;使用JSON代替
• 錯誤修復：PDB和CIF文件指示PAU等程序集為負數
• 錯誤修復：沒有旋轉的COMPARE啟動無限循環
• 錯誤修復：循環問題延遲（-1）
• 錯誤修復：JavaScript中的Chrome鼠標滾動
• 錯誤修復：用於語言更改的JavaScript彈出菜單修復
• 錯誤修復：未處理JavaScript核心組件; Jmol._debugCode無法識別
• 錯誤修復：生物分子的單位細胞偏移不正確;原點不對軸。
• 錯誤修復：isosurface / mo FRONTONLY broken
• 錯誤修復：用JavaScript破解語言本地化
• 錯誤修復：ADF閱讀器未讀取DIRAC Build 201304052106的MO輸出
• 錯誤修復：Safari報告黃色Jmol信息而不是要求接受小程序
• - 標籤必須
• 錯誤修復：CIF閱讀器無法正確處理_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
• - 錯誤的原子設置為load = 3fsx.cif過濾器＆quot; ASSEMBLY 1＆quot;
• 錯誤修復：[＃558與ChemDoodle的兼容性問題]在Number.toString（）的定義中出現JSmol錯誤
• 錯誤修復：鼠標滾輪無法正常工作
• 錯誤修復：JavaScript J2S編譯器錯誤不強制int + = float到整數
• 錯誤修復：JavaScript WEBGL選項已損壞
• 錯誤修復：JavaScript NMRCalculation不訪問資源
• 錯誤修復：未實現JavaScript立體聲
• 錯誤修復：MOL閱讀器修復多模型文件（僅13.3.9_dev）
• 錯誤修復：加載APPEND的MOL閱讀器錯誤 - 不會繼續原子編號
• 錯誤修復：CIF調製閱讀器不讀取細胞波向量的線性組合
• 錯誤修復：CIF讀取過濾器“BIOMOLECULE 1”如果只是身份操作
則失敗
• 錯誤修復：mmCIF閱讀器未讀取所有_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression選項
• 錯誤修復：PDB CRYST條目1.0 1.0 1.0 90 90 90應該是指“無單元格”不管生物分子過濾器
• 錯誤修復：等值面板不能很好地適應平面分子，如HEM
• 錯誤修復：print userfunc（）可能失敗（userfunc（）本身就沒問題了）
• 錯誤修復：未在C-alpha聚合物中實施（螺旋）
• 錯誤修復：_modelTitle在加載或刪除新文件時未更新
• 錯誤修復：{*}。symop.all沒有正確地提供對稱運算符
• 錯誤修復：對於URL中的SMILES中的三重綁定
• 錯誤修復：build.xml缺少PDF創建類
• 錯誤修復：在Java更新之後，為本地簽名小程序添加正確的路徑檢查
• 錯誤修復：{xxx} .property_xx未保存在州（已損壞8/7/2013 rev 18518）
• 錯誤修復：已更新已簽名和未簽名的小程序JAR文件的清單
• 錯誤修復：寫入失敗
• 錯誤修復：applet scriptWait（）方法已損壞
• 錯誤修復：PyMOL會話可以在從已保存狀態讀取後顯示單元格
• 錯誤修復：MMCIF閱讀器因多種程序集類型而失敗
• 錯誤修復：CIF閱讀器“生物分子1”轉化為“分子”而不是“彙編”
• 錯誤修復：加載多個文件不起作用的軌跡
• 錯誤修復：JS applet彈出菜單在語言更改時未正確關閉
• 錯誤修復：未分配HTML複選框ID屬性
• 代碼：重構applet / appletjs代碼; org.jmol.util.GenericApplet
• 代碼：重構，簡化緩衝讀取器和緩衝輸入流。
• 代碼：JavaScript重構，更好的構建_... xml
• 代碼：JavaScript Integer，Long，Short，Byte，Float，Double all reworked
• 代碼：消除GT ._
• 代碼：將所有不必要的內部類重構為頂級
• code：使用api / JmolModulationSet
隔離util / ModulationSet
• 代碼 - 從普通.po文件讀取的所有applet語言本地化：
• 至於JavaScript已經
• 無需為applet語言編譯類文件
• 沒有語言.jar文件
• new jsmol / idioma目錄保存Java和HTML5的.po文件
• 代碼：更快的isosurface渲染添加隱式“frontonly”只選擇{xxx}
• 代碼：具有隱式“isosurfacepropertySmoothing FALSE”的更快的等值面渲染在相關（整數）情況下
• code：JmolBinary.getBufferedReaderForResource（） - 合併對URL.getContent（）和Class.getResource（）的所有引用
• code：JavaScript解決變量名稱重新分配的內部類問題
• 代碼：解決eval（functionName）無法在JavaScript中運行。
• 代碼：試驗環境遮擋
• 代碼：為Java Ju51（2014年1月）添加了必需的清單。
• code：JmolOutputChannel已移至javajs.util.OutputChannel
• 代碼：jsmol.php已修復為允許“在saveFile方法
• 代碼：將Parser重構為javajs.util
• 代碼：DSSP移至org.jmol.dssx，將JSmol生物負載降低20K
• 代碼：iText包放棄了，不再是nec，因為我寫了自己的PDF創建者

要求：

• Oracle Java標準版運行時環境