免費 生物信息學 為 Linux

STEPS是包在任意複雜的三維幾何精確的隨機模擬反應擴散系統。我們的堆芯模擬算法的Gillespie的SSA的實施方案，延長處理過的分子三維四面體網狀物的元素的擴散。雖然它主要開發用於模擬在樹突和周圍神經突觸的信號通路的詳細模型，它是一個普通的工具，可以用於研究任何生化途徑中的空間梯度和形態被認為發揮作用。我們已實現的步驟作為一組Python模塊，這意味著步驟的用戶可以使用Python腳本來控制建立模型，生成網格，控制模擬和產生和分析輸出的所有方面。核心計算例程仍實現為用於執行的最大速度的C / C...

貘是一個Python的工具，它包含程序估算並繪製系統發育信息量用於大型數據集。引用貘當使用貘，請引用： - 公元前費爾克洛思，長安Ĵ，阿爾法羅ME：貘使系統發生信息量的高通量分析。 - 湯森JP：仿形系統發育信息量。系統生物學。 2007年，56：222-231。 - 池塘SLK，弗羅斯特SDW，繆斯SV：的HyPHY：假設使用系統發育測試。生物信息學2005，21：676-679。安裝目前，安裝程序最簡單的方法是：混帳混帳克隆：//github.com/faircloth-lab/tapir.git...

picme是包含項目估算並繪製系統發育信息量用於大型數據集Python包。安裝目前，安裝程序最簡單的方法是：混帳混帳克隆：//github.com/faircloth-lab/picme.git /路徑/到/ picme運行測試：CD /路徑/到/ picme /蟒蛇測試/...

tigreBrowser是從蒂格雷 - [R包結果的基因表達模式瀏覽器（http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html）。安裝：tigreBrowser需要Python版本> = 2.5。...

checkmyclones是一種軟件，它提供工具來檢查桑格測序結果＆NBSP;（或任何純文本或FASTQ文件）對一組參考序列，在任何合理的格式（包括坐標）提供 要求： ...

Syntainia是一個創新的應用為多個基因組的可視化及NBSP;它提供了一個簡單而直觀的用戶界面來查看和操縱基因組之間的關係。更清晰的基因的可視化，它是更容易為研究者以識別多個基因組中同線性保護。  Syntainia是一個桌面應用程序，它看起來不錯，在Windows，Linux和Mac OS X上運行流暢，而且也適用於任何其他操作系統與Java 6。 什麼是新的的此版本： ...

CWC模擬器是一個C ++實現化學武器公約，一個微積分的代表性和模擬生物系統＆NBSP的;安裝成功後（請參閱安裝），你就可以運行模擬了CWC機型，如在一些實例（見例子/）。（命令行）界面作為一個普通的用戶，你應該運行：-i model.cwc-o -t -s -n -c --qt閾值-q -w 其中： - 是可執行文件的名稱（默認：SCWC）;＆NBSP; - model.cwc是輸入CWC程序（見例子）;＆NBSP; - 統計數據是輸出文件的前綴;＆NBSP; - ...

AREM是一款基於MACS（基於模型分析的ChIP-SEQ數據）。高通量測序耦合到染色質免疫沉澱（芯片起）被廣泛用於表徵基因組範圍的轉錄因子，輔因子，染色質改性劑，和其它DNA結合蛋白結合模式。在芯片起數據分析的一個關鍵步驟是由映射高通量測序短讀取到參考基因組，並確定富含短讀取峰值區域。雖然有幾種方法已經被提出用於芯片起分析，大部分現有ACTUAL方法僅考慮讀取，可以唯一地放置在參照基因組，並因此具有低的功率，用於檢測峰值LO-重複序列內cated。在這裡，我們介紹一種概率進近的芯片起的數據分析，利用所有的...

AHREA是sofware套件，使得尋找相對表達學習者容易。它是用Python編寫的 要求： ...

E-Cell系統是在計算機上虛擬構造單元的概念。E-Cell系統是一個面向對象的軟件套件進行建模，仿真和大型複雜的系統，如生物細胞，經高橋耕一架構，並通過編寫一個美妙的開發團隊分析。系統，E-Cell模擬環境版本3，核心部分允許具有不同時間尺度的共存受到多個算法許多組件。電子電池項目是一個國際研究項目旨在開發必要的理論支持，技術和軟件平台，允許精確的全細胞模擬。E-Cell系統由以下三個主要部分組成： - E-Cell模擬環境（或E-Cell SE） - E-Cell模擬環境（或E-CELL ME）...