NCBI C++ Toolkit

NCBI C ++工具包提供免費，攜帶方便，公共領域圖書館沒有任何限制使用。它的工作原理在Unix，微軟Windows和Mac OS平台：
ยท網絡和進程間通信（IPC）庫的iostream適配器
ยท多線程庫
ยทCGI和快速CGI庫
ยทHTML生成庫
ยทSQL數據庫訪問圖書館
ยทC ++包裝BerkeleyDB的庫
ยทC ++的iostream適配器/包裝庫
ยทGZIP和BZ2 C ++庫包裝用的iostream適配器
ยทASN.1和XML串行化庫用C ++代碼生成工具（datatool）
ยท日期和時間庫
ยท文件系統函數庫
ยท命令行參數，配置和環境處理庫
ยท序列比對算法庫
ยทBLAST引擎庫
ยท生物序列檢索和處理庫
ยท便攜式FLTK和OpenGL的基於圖形用戶界面和圖形庫
除上述之外，還有很多更多有用的庫，通用和生物技術相關的不斷開發，維護和數以百計的網站和獨立應用程序以及它們的程序員用在現實生活的生產（也算在數百）。
如果你是一個C ++開發人員，你會發現圖書館建設跨平台應用程序非常有用的便攜性，即使你沒有在生物信息學的興趣。庫如那些用於CGI /快速CGI，HTML，網絡，SQL數據庫訪問，ASN.1以及XML序列化是非常通用的，可以在各種生物信息學問題域之外的應用中使用。
在C ++工具包經過積極發展與圖書館正在修建每一個夜晚。源代碼是免費提供的，通過FTP和CVS。本文檔中的C ++工具包是在NCBI書架格式可在網上，也可以作為可下載書籍在Acrobat的PDF格式

什麼在此版本中是新的：

• 要點：
• 添加LDS2（本地數據存儲第2節），這是基於SQLite3的，具有新的功能和更好的性能。還實施LDS2數據加載器使用LDS2從對象管理器。
• 在XmlWrapp - 這方便的XML處理API已基本完成（甚至拋光）。
• 在實現隧道和HTTP連接和安全套接字隧道的授權，通過HTTP代理服務器。
• 在CFormatGuess現在允許GTF，GFF3和GFF2區分。這是一個有可能突破的變化。欲了解更多詳細信息，請參閱下文。
• 在CFeatTree實現的主要部分，類組織在生物序列成層次結構中定義的功能，反映了他們的父子關係（基於特徵的亞型）。
• 在corelib的：
• 在實現區域獨立字符串轉換為雙和後端;改變的核心庫來使用它。
• 在NSTR ::對齊（） - 文本的段落格式
。
• 在CNcbiApplication - 讓FindProgramExecutablePath靜態的，更強勁;添加靜態更高級別GetAppName方法。查找全局配置文件在更多情況下。
• 在CMetaRegistry :: FindRegistry - 新的方法暴露邏輯確定要加載的文件（如果有的話）
• CEnvironmentCleaner - 新類拋棄不必要的環境變量
• 在CFileIO - 回到原來的行為。如果它通過SetFileHandle（）分配不關閉文件句柄
• SERIAL：
• 在AnyContent數據對象的序列化 - 固定認識和妥善處理他們的屬性值
。
• 修正的XML數據的讀出要分配給時，它不具有內容元素的默認值。
• 在增加了對元素，其中的元素有一個默認值序列的支持。
• 在DATATOOL：
• 修正代碼生成的：
• 在CHOICE數據對象;
• 在二進制數據與屬性的類型。
• 在雙類型值修正轉換保存更多顯著的數字。
• 在CONNECT：
• 新增的keepalive套接字選項（fSOCK_KeepAlive）。
• 添加NCBI連通性測試（CConnTest）。
• 在UTILITES：
• g_FindDataFile - 新功能定位數據文件（配置）的標準位置
• CChecksumStreamWriter - 新類來計算寫入流數據的校驗和
• 在g_GZip_ScanForChunks（） - 新的API，查詢壓縮數據流的位置。增加了實施的越來越裡面連鎖gzip文件獨立的gzip文件的位置。
• 在添加壓縮/解壓縮流操縱（包括/ UTIL /壓縮/ stream_util.hpp）。
• 在CFormatGuess（UTIL / format_guess。{H / C} PP）更新，以可能破壞變化。這樣做的目的是為了讓CFormatGuess GTF之，GFF3和GFF2區分。目前，它把所有的這些格式轉換成一個'eGtf的價值。舊的'eGtf'值（3）被替換為'eGtf_POISONED'，和將不再次返回。對於“eGtf”（21）的新值將意味著應閱讀CGtfReader（objtools /讀卡器/ gtf_reader.hpp）的文件。新值'eGff3'（22）是用於文件意味著被讀取CGff3Reader（objtools /讀取器/ gff3_reader.hpp），和'eGff2'（24）是用於文件意味著被讀取CGff2Reader（包括/ objtools /讀者/gff2_reader.hpp）
• 在BIO-對象：
• 在CBioseq :: GetNonLocalId - 新的方法來幫助從在更多的情況下，規格品種齊全FASTA文件導入到位序列;通過CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull（同樣新）包裹。
• 在CSeq_id :: IdentifyAccession - 實施或提高識別更多的前綴（GA，HH，HI，HO-HU，JA-JO，EAAA-EZZZ和IAA-IZZ，其中一些對應DDBJ新的可能性TPA WGS數據）和混合式TPA蛋白的加入（主要來自EMBL，但一些從GenBank中太）。
• 在區分WGS主的加入了一個新的標誌位。放寬嚴格的PDB識別邏輯。
• 在CSeq_id :: IsValidLocalID，CSeq_id :: ParseIDs - 與純文本序列標識符工作的新功能，分解CFastaReader了出來，全身有點
• 在SSeqIdRange - 新型（完整的解析器和飛＆QUOT;迭代器＆QUOT;）與SEQ-id取值範圍在某些FASTA defline源修飾工作，因為目前
。
• 在BIO-工具：
• 在CFastaOstream - 可選接受定制標題為單一序列。標籤負鏈範圍與領先的'C的。
• CFastaReader - 支持負鏈範圍和亮片的緊湊defline式間隙語法（？＆QUOT;＆將N＆QUOT;其中N是一個數;或＆QUOT;＆GT; unk100＆QUOT）
• 在COBALT：
• 添加命令行選項-num_domain_hits限制每個序列在計算比對限制使用的保守結構域的數量。
• 在系統進化樹：
• 在增加更高級別的接口，從序列比對計算系統進化樹（如BLAST和鈷的結果）。類CPhyTreeCalc計算進化樹，並CPhyTreeFormater打印樹的Newick和Nexus格式。
• 在BIO-對象庫：
• 在實現CheckNumRows（）等方法進行稀疏的路線。
• 要減少內存佔用：加讀掛鉤，以減少使用的反序列化後的路線記憶;娜股現在使用的內存在可能的情況一個字節; Score.value選擇現在嵌入CScore。
• 在大寫加入在CSeq_id :: GetLabel（）。
• 在BIO-對象管理器：
• 新增getter方法​​在CTableFieldHandle布爾字段。

基於CFeatTree
• 在添加GetBestGeneForFeat（）。
• 在實現GetBestOverlappingFeat（）上CFeatTree。
• 在增快的cscope :: GetTaxid（）。
• 在實現批量裝車的ACC /版本，GI，標籤和taxid。
• 在增加長度為零的空白檢查CSeqMap和CSeqVector。
• 在實現對GetLength（）和GetCoverage（）債券的位置。
• 改進：
• 在添加輔助方法，以填補CFeatTree上的位置。
• 在加快簡單CSeq_loc_mix位置映射CFeat_CI。
• 在嚴格排序的CFeat_CI功能，以避免歧義。
• 在CSeq_feat_Handle干將現在序列表工作的特點了。
• 在序列表的功能現在支持多級用戶領域。

如果位於分割塊
• 在非序列-SEQ壯舉桌，現在公認的平衡。
• 在加快CBioseq_Handle :: ADDID（）。
• 在優化的cscope :: AttachXxx（）。
• 支持命名標註的分裂。
• 在CSeqVector和CSeqVector_CI的CanGetRange（）現在返回的錯誤，而不是拋出異常。
• 允許指定如何處理現有的手柄中ResetHistory（）。
• 在優化的重新養育如果有更多的功能被添加到CFeatTree。
• 在時間的可能性調試cscope的創建/刪除。
• 在許多變化到C ++清理功能模仿已經存在於C.還有更多的工作需要與BasicCleanup完成，但已經取得了進展顯著的清理功能。一些工作已經做了ExtendedCleanup作為呢。
• 在CSeq_loc_Mapper現在可以用GC-大會初始化。
• 在錯誤修正：
• 在固定在CFeat_CI負鏈結構的位置映射。
• 在許多修復的CFeatTree連接功能的方式。
• 在幾個線程安全補丁。
• 修正了錯字防止增加對齊和圖表來CSeq_annot_EditHandle。
• 在防範例外CFeat_CI排序功能的時候。
• 在GenBank中LOADER：
• 在註冊HPRD外部註解。
• 添加可選exclude_wgs_master參數在pubseqos / pubseqos2讀者。
• 在實現批量裝車的ACC /版本，GI，標籤和taxid。
• 添加CGBDataLoader :: CloseCache（）。
• 改進：

在cscope的:: GetBioseqHandles
• 使用批量加載請求（）。
• 在通過加載斑點類型單獨統計的讀者。
• 添加時間戳GenBank中調試消息。
• 使用IConnValidator打開PubSeqOS連接。
• 新增拆分版本塊請求和塊子項在GenBank中的緩存，以避免使用錯誤數據塊時，一滴分裂狀態的ID改變。
• 新增二級少混淆參數名稱開超時。
• 請不要再乘以連接數重試次數。
• 在對象管理器測試和演示應用程序：
• id2_fetch_simple - 添加-id選擇任意序列-ID的
• test_bulkinfo - 新的測試應用程序
• 在FASTA：
• 在C ++功能表的功能已經取得了更多的功能，如為BankIt項目的一部分。
• 在asn2flat工具<​​/ li>
• 變為簡單文件格式化的巨大數量，使其更接近釋放準備就緒狀態（可能釋放準備在這一點上，雖然一些相對較小的問題仍然）。
• 在XMLWRAPP：
• 在固定分段故障的情況下採取參考XPath表達式運行結果。
• 新增傭工獲得公共ID，系統ID和DTD名稱外部和內部的子集。
• 添加的方法來查找節點屬性。
• 在固定的XPath表達式的執行：現在開始從給定的節點
• 在固定搜索屬性（包括默認）提供了一個命名空間的時候。
• 在增加，而不需要顯式註冊的命名空間中運行XPath表達式的能力。
• 添加到提供集裝箱在解析文檔收集錯誤和警告的能力。
• 添加修改節點的默認屬性值和命名空間的能力。
• 新增能力測試，如果屬性是默認的。
• 添加到插入或刪除屬性，同時考慮到其命名空間的能力。
• 添加脫衣XML聲明時，文檔保存能力。
• 在WindowMasker：
• 在增加了一個新的輸入格式，＆QUOT; seqids英寸;與該輸入格式，所述輸入是一個包含在每一行的序列ID的文件，並且該算法使用生物對象管理器來查找序列。
• 在添加了一個新的類CWinMaskConfig，用於存儲所有WindowMasker配置參數。這個類可以用來所需的命令行參數的命令行參數添加到CArgDescriptions，然後得到的配置參數。
• 在BUILD框架（UNIX）：​​
• 在解釋APP_PROJ或LIB_PROJ的命令行參數的提示來清除不還提供有其他的* _PROJ設置。 （需要GNU製作;建立與Sun使像以前一樣繼續工作）
• 在供應更多的子目錄中的目標：* _f（採用按需生產的本地平坦的makefile，上樹的其他部分忽略依賴關係），* _fd（包頂級Makefile.flat），clean_sources和purge_sources
• 在配置和便利性腳本（編譯/ UNIX / * SH。）：
• 在值得關注的新標誌--without-3psw - 不與任何第三方軟件的使用
• 在增加了一個檢查GLEW。
• 在改進檢查加速和OpenGL。
• 支持指定的達爾文（蘋果機）與現代工具鏈系統的運行路徑。
• 在BLAST：
• 在達爾文鍵（M​​ac OS X），僅用於英特爾處理器構建，甚至另有通用構建由於PowerPC的工具鏈的限制。
• 新增用於檢索NCBI分類標識為其WindowMasker支持可支持。
• 在允許一個查詢序列的說明連同PSIBLAST多序列比對文件。
• 在數據庫中添加硬屏蔽的支持。
• 在增加數據庫的軟屏蔽的翻譯搜索。
• 在增加了對BTOP（BLAST回溯操作）和查詢和主題長度在表格報告的支持。
• 在命令行應用程序 - 讓PSIBLAST搜索多個查詢，添加可選-input_type的makeblastdb
• 在允許使用的blast2sequences模式最好的命中和XML的。
• 在提高性能的格式進行遠程搜索。
• makembindex現在可以直接從利用存儲在數據庫的BLAST遮蔽信息的BLAST核苷酸數據庫建立掩蔽MEGABLAST索引。這是由新的命令行選項-db_mask完成到makembindex。該選項接受了BLAST數據庫支持的濾波算法的整數ID。只能一併施加-iformat blastdb的選項。
• 要協助尋找出一個BLAST數據庫支持的過濾算法的數字ID用戶，標誌-show_filters介紹。施加標記與-iformat blastdb和BLAST數據庫作為輸入導致makembindex以輸出可用濾波算法和出口的列表。
• 在應用的NetCache：
• 的NetCache被修改，以包括以下特點：
• 在更好地管理磁盤空間;
• 在與斑點鎖定工作少，版本是用來代替;
• 在多端口監聽和每個客戶端設置差異。
• 的NetCache和使ICache的API：
• 使用UINT8處處為BLOB大小。
• 在允許部分Blob檢索。
• 在介紹一滴密碼保護;空密碼被視為沒有密碼。
• 在工作節點的API：
• 在終止工作節點，如果它的內存消耗超過規定限額的新參數（參數＆QUOT; total_memory_limit＆QUOT;）
。
• 在終止工作節點，如果其運行時間超過規定限額的新參數（參數＆QUOT; total_time_limit＆QUOT;）
。
• 在電網應用：
• 在netscheduled
• 修正了隊列刪除命令沒有回答一個bug。
• 在remote_app <​​/ li>
• 在新的配置參數（＆QUOT; TMP_DIR＆QUOT;）來控制目錄的名稱是如何產生的暫時性 - 減少其長度
• 請BLOB寫入錯誤。
• 在netcache_control
• 在允許部分Blob檢索。
• 在新的命令-remove通過其ID刪除斑點。
• 在新參數-auth指定認證字符串使用。
• 在新的命令-reconf和-reinit供的NetCache系統管理員使用。
• 在netschedule_control
• 已啟用兼容模式，使netschedule_control工作與舊工作節點。
• 在cgi2rcgi.cgi
• 請不要創建一個空的NetCache BLOB作為一個佔位符的進展消息。
• 在被報告給用戶登錄網的錯誤。
• 在允許作業ID參數空間。
• 在支持JSON格式的作業狀態信息輸出。
• 在允許自定義HTML模板被定義為GRID錯誤和其他事件。
• 在添加無緩存HTTP標頭，以避免中間結果的緩存。
• 在ncfetch.cgi
• 在新的參數來訪問受密碼保護的斑點。
• 在解釋額外的參數＆QUOT;文件名＆QUOT;作為用於下載的文件的文件名。

什麼是新的版本2008年12月31日：

• 在這個版本增加了一個方法來計算列具體pseudocounts在PSI-BLAST。
• 在這refactors網格服務庫。
• 在它增加了單元測試框架和錯誤日誌記錄所有文件API類。
• 在它修復的IRIX線程支持。它增強了支持XML序列化。
• 在它修復為Sybase支持。
• 在它增加了支持小型查詢較小的查找表。
• 在它增加了一個API來檢索GenBank中加載數據。
• 在它什錦其他增強功能，加速比，和錯誤修正。