在世界顫抖下，一個神秘而致命的網絡病毒威脅攻擊並摧毀任何國家的軍用計算機系統的新威脅。隨著TARMA和蓖麻無法幫助因這件事自己的任務，Marco和吸入氧濃度是叫調查情況，由兩個新人，納迪亞和Trevor加入。在他們的調查中，組發現被稱為Amadeus的一個恐怖組織的邪惡陰謀的幕後，他們一頭扎進爭鬥反對Amadeus的力量，希望能摧毀網絡病毒它得到的機會，消滅整個世界軍事計算機系統之前。
合金彈頭4保留了相同的遊戲與以前的遊戲，增加了一些新的敵人，老闆，武器，幾個新的車輛和新的獎金連擊系統。
獎金評分系統加入，讓取決於有多少敵人，在規定時間內被殺死的玩家給予獎勵。分配的時間是從標誌的被拾起的類型來確定。一時間計將出現在屏幕的頂部，如果玩家通過生活的水平結束時，他們將獲得獎勵積分為代表的功勳完成徽章。在合金彈頭3的路由選擇在這裡被保留為好。
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