ProteoIQ是一套全面驗證，並通過流行的質譜分析平台和數據庫的搜索引擎結合起來的結果量化的蛋白質。用動態提取離子色譜圖，以查看每MS譜在任何時間點的能力，並以手動選擇的峰面積的能力，ProteoIQ提供控制的最終水平。
ProteoIQ提供了一個完全可定制的界面，以支持任何形式的生物註解。您可以蛋白定量結果相比較，很容易對生物途徑，蛋白質定位，蛋白質功能，甚至比較轉錄豐度。每個蛋白質鑑定ProteoIQ可以鏈接到任何外部或內部的知識數據庫。自定義鏈接提供給GenBank中的UniProt，IPI，和SWISSPROT數據庫，甚至是內部LIMS
什麼在此版本中是新的：
- 支持SQT和MSF文件格式
ProteoIQ現在支持SEQUEST SQT和蛋白質組發現者V1.4 MSF文件格式。
- 支持目前的ProteinPilot修改
ProteoIQ現在支持所有這些都是由ProteinPilot數據庫搜索引擎所支持的修改
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