DendroPy

它提供了類和函數與系統發生數據，如樹木和字符矩陣工作。
它還支持讀取和寫入數據的範圍為標準系統發生的數據格式，如NEXUS，NeXML，PHYLIP，的Newick，FASTA等。
此外，用於執行一些有用的進化計算腳本分佈為庫，如SumTrees，其概括了用於通過系統發生樹的後部樣品給定分裂或分支的支持的一部分。
有擴展文檔和教程文件在下載包

什麼是此版本的新：

• 在新的元數據基礎設施註釋：AnnotationSet和註釋
• 完全支持NeXML 0.9元數據分析和編寫。
• get_from_url（）和read_from_url（）方法，現在允許從URL的閱讀系統發育的數據。
• 新增信息設施的互聯互通模塊（QUOT; dendropy.interop.gbif＆QUOT;）
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什麼版本3.12.2為新的：

• 在元數據標註新的基礎設施：AnnotationSet與詮釋。
• 完全支持NeXML 0.9元數據分析和編寫。
• get_from_url（）和read_from_url（）方法，現在允許從URL的閱讀系統發育的數據。
• 新增信息設施的互聯互通模塊（QUOT; dendropy.interop.gbif＆QUOT;）
。

什麼是3.11.0版本，新的：

• 從整個串聯支路標籤新應用程序腳本多輸入樹：sumlabels.py
• 在新的互操作類dendropy.interop.seqgen.SeqGen：包裝序列根集成到庫
• 在新的互操作功能dendropy.interop.muscle.muscle_align（）：包裝肌對準
• 在新的互操作類dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner：包裝RAxML
• prune_taxa（）方法添加到CharacterMatrix。
• 在數學模塊轉移到自己的子包：dendropy.mathlib
• 矩陣和向量計算新的模塊：dendropy.mathlib.linearalg
• 進行統計距離計算新的模塊：dendropy.mathlib.distance
• 在家庭中dendropy.mathlib.distance馬氏距離計算功能：squared_mahalanobis，squared_mahalanobis_1d，馬氏，mahalanobis_1d

什麼是3.9.0版本，新的：

• 新功能：
• 在系統發育獨立對比（PIC）的分析，現在可以使用dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts類進行。
• 簡體含有成膜助劑模擬（在樹種基因樹）。
• 更改：
• 關鍵字參數as_string（），write_to_path（），write_to_file等方法已經被調整到成為Nexus和的Newick格式更一致。上一頁關鍵字仍受支持，但會被廢棄。一套新的支持關鍵字參數可以看出在：REF：Nexus和的Newick編寫定制＆＃X3C; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick＆＃x3e;一節。
• Nexus和的Newick格式現在，默認為不區分大小寫的類群標籤;指定case_insensitive_taxon_labels =假的區分大小寫。
• 修正項目：
• 閱讀交錯的性格矩陣不再結果在下面的塊被跳過（NEXUS）。
• 在計算匯總統計時陷入OverflowError。

什麼是3.8.0版本，新的：

• 在樹對象現在可以在中點被rerooted（見Tree.reroot_at_midpoint（））。
• 註釋（即屬性是有＆QUOT樹，節點或邊緣對象;註釋（）＆QUOT;呼籲它們）現在可以寫為元數據的意見（QUOT; [＆字段=值] QUOT;）寫作時NEXUS如果關鍵字參數annotations_as_comments用於/的Newick格式。
• 在NEXUS讀取時/的Newick格式的樹木，指定extract_comment_metadata = TRUE，將導致元數據的意見被納入了字典，連鍵是字段名和值作為字段值。
• 當讀取NEXUS格式的數據，設置塊將被處理，字符集解析到相關CharacterDataMatrix。
• 在字符集（如，例如，分析出NEXUS套塊：見上文），可以導出為新CharacterDataMatrix對象，並保存/操控/等。 independentally。
• 在NEXUS或的Newick格式寫入時，該write_item_comments關鍵字參數（TRUE或FALSE）可以控制是否與節點上的樹木相關的延伸評論將被寫入或沒有。
• TopologyCounter類添加到dendropy.treesum：允許拓撲頻率跟踪
• treesplits.tree_from_splits（）允許（拓撲只）樹的構建從一組分裂的。
• 曾經是“dendropy.treemanip”大多數功能現已被遷移為dendropy.Tree類的本地方法。 “dendropy.treemanip”將被棄用。
• 在樹木現在可以依據的類群標籤的列表上修剪要刪除或保留（以前，該方法只接受分類群對象列表）。

什麼是3.7.1版本，新的：

• 新功能：
• “常規抽樣方法”的執行情況（哈特曼等人2010年。從進化模型採樣樹木; SYST生物學報49，465-476）。模擬從生滅模型樹的方法
• 更改：
• 修正/一致的名稱為一些概率函數。
• 修正項目：
• 在錯誤的確認輸出文件的使用SumTrees'-e'/時覆蓋“ - 分裂的邊緣”。選項
• 古和頭髮斑白的半化石參照“taxa_block”更正為“taxon_set”。

什麼在3.7.0版本新：

• 在遷移到BSD風格的許可證

什麼是3.6.1版本，新的：

• 在SumTrees現在工作（串行模式）年長Python版本（即＆＃X3C; 2.6）。
• 修正為與Python 2.4.x的兼容性。

什麼在3.5.0版本新：

• 在加ladderize（）方法，命令中的節點升（默認）或降序（ladderize（右= TRUE））命令。
• 新增＆QUOT;獸總結樹＆QUOT;架構規範處理BEAST註明共識樹木。
• 添加新的模塊來處理NCBI數據庫交互：dendropy.interop.ncbi

什麼是新的在3.4版本：

• 在捆綁ez_setup.py更新到最新版本

要求：

• 在Python的2.4〜3.0