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命令行工具使用的相對差異，確定最相似的構象進行比較以逗號分隔的數據文件。 Compsort使用相對差比較的數據文件，計算相似性得分，按升序排列的得分（較低的值代表較大的相似性），可以節省低分第X號。
由用戶產生的數據文件，必須用逗號分隔文本文件。每個文件都代表一個獨特的分子。在一個文件中的每一行代表該分子的一個獨特的構象。數據文件中的第一列必須是唯一的，以由行表示的構象的標籤。列的其餘的數字描述符，如距離空間的測量。
這些行被組合地文件之間進行比較。在比較標籤被級聯和保存的分數的組行。這提供了一種方法，以確定其產生一個給定的相似性得分的構象。
今後的工作包括：
- 在加入GUI界面
- 在我的3D藥效建模算法發布文件
- 在使用MPI並行版本
什麼在此版本中是新的：
- 修正了幾個小編譯器警告
- 添加了報告的計算時間，除了此前報導的排序時間設定組合計算
- 二進制 增加編譯器優化級別
要求：
的Mac OS X 10.3
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