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codonPhyML使用進化馬爾可夫模型密碼在系統發育重建。給定一組特徵在於它們的DNA序列作為輸入的物種，codonPhyML將返回進化樹最能說明它們的進化關係。它具有NNI和SPR樹型拓撲搜索算法，以最大似然估計替代率參數，以及多核支持通過OpenMP的。
codonPhyML
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