CLC Main Workbench

這個4週的CLC Combined Workbench的完整功能演示匯集了CLC Gene Workbench的所有DNA序列分析和CLC蛋白質工作台的所有蛋白質序列分析。所有分析完全集成在一個單一，用戶友好和直觀的軟件應用程序中。

此版本中的新功能：

改進

• 修復了在macOS Sierra上運行BLAST的問題。
• 更新了Pfam報告的PFAM鏈接
• 修復了在CLC Main Workbench 7.7.2中引入的問題，其中按RdeGBI後按字母順序列出的酶缺少甲基化信息
• 各種小錯誤修復
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工作流程

• 現在可以配置工作流輸出，以便創建包含輸出的子文件夾。
• 在定義工作流輸出的名稱時，新的佔位符可用：{user}，{host}和輸出對象{year}，{month}，{day}，{hour} {minute}，{second}。
• 現在可以使用書寫名稱指定以前只能作為數字使用的工作流程輸出名稱中的佔位符：{name}是{1}的同義詞，{input}是{2}的同義詞。
• 
  

  在工作流輸出元素中使用{2}佔位符進行自定義命名時，只有未鎖定的輸入將包含在生成的名稱中。

  
  
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  在顯示工作流的所有已配置參數的生成的pdf中，連接到工具或輸入元素的參數的條目現在列出定義元素的名稱。以前，這些元素的參數列表為空白。

  
  
• 
  

  在工作流中更改工具名稱時，導出工作流參數時，原始名稱現在包含在更改的名稱旁邊。

• 
  

  使用工作流創建的數據元素的歷史視圖現在包括有關創建它們的工作流的信息。

  
  
• 工作流程“添加元素”菜單中的工具順序現在與“工作台工具箱”菜單中的順序匹配。
• 改進了工作流驗證，以幫助用戶識別由於工作流元素的配置而被忽略的輸入。

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發射

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• 現在，在工具箱菜單下找到快速啟動工具，而不是視圖菜單，並且工具欄中添加了名為啟動的啟動按鈕。

• 現在可以在本地搜索的結果表中列出的數據元素上啟動分析，方法是選擇感興趣的元素，用鼠標右鍵單擊並在顯示的上下文菜單中導航。

  
  

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元數據

＆nbsp;

• 在右鍵上下文菜單的元數據元素視圖中添加了用於從所選數據元素中刪除元數據關聯的“刪除關聯”選項。

• 在元數據查找關聯數據視圖中，現在還可以在選擇多個行時使用“在導航區域中查找”。

  
  
• 從其中包含公式的電子表格導入元數據時，將導入公式（如Excel中顯示的）的計算結果，而不是公式本身。

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一般

• 所有NCBI服務器通信現在都已加密。 （2016年9月30日，NCBI將將所有網絡服務移至HTTPS協議）。

  
  

• 預先安裝在工作台中的酶清單已從REBASE更新。

  
  

• “不在列表中”選項已作為新的表過濾選項引入。

  
  

• 讀取組詳細信息現在顯示在序列列表的元素信息視圖中。

  
  

• GenBank導入現在還允許具有“GBFF”擴展名的文件名。

  
  

• “排序文件夾”工具現在使用以數字為前綴的文件名進行數值排序。

• 在定義輸出器輸出的名稱時，新的佔位符可用：＆nbsp; {user}，{host}以及輸出對象{year}，{month}，＆nbsp; {day}，{hour，＆nbsp; {minute}，＆nbsp; {second}。＆nbsp;
• 現在可以使用書寫名稱指定以前只能作為數字使用的導出輸出名稱中的佔位符：{input}是{1}的同義詞，{extension}是{2}的同義詞，{counter}是{3}的同義詞。

<7.7>版本7.7.1中的新功能：
• 修復了批量執行包含多個輸入的工作流時出現的問題，其中未應用在啟動過程中指定的預定義，固定輸入的更改。
• 修復了Motif搜索工具錯誤地報告所有匹配精度為0％或100％的問題。
• 修復了在保存文件夾時對文件夾進行排序時可能會觸發錯誤的問題。
• 修復了批處理模式對話框中的錯誤，當遇到與底層文件或數據位置相關的問題時，將導致錯誤。

<7.7>版本7.7中的新功能：

導入元數據 - 基本和簡單的元數據導入。此工具補充元數據表編輯器中可用的工具。

版本7.6.4中的新功能：

Bug修復
• 修復了當在NCB工具搜索序列時無法下載核苷酸序列並顯示錯誤消息“以下序列未正確下載的錯誤。
• 修復了在創建蛋白質報告工具的NCBI步驟中BLAST的問題。
• 修復了在VCF導出期間導致錯誤的問題，其中涉及的數據最初是從VCF文件導入的，QUAL字段中的值為整數。
• 將浮點（十進制）數字導出為VCF格式之前依賴於指定的區域設置。已修正此問題，以使＆lt;小數分隔符現在總是一個點。
• 執行元數據的自動關聯時，日誌現在會顯示哪些元數據行未與任何數據相關聯。
• 修復了從工作台中訪問元數據手動信息的錯誤。
• 修復了使用存儲在CLC服務器上的元數據表執行自動關聯失敗的錯誤。
• 自動關聯元數據現在基於數據名稱的前綴處理關聯，而不是完全匹配整個數據名稱。
• 元數據表不再需要鍵列，因為其行可以手動與數據元素相關聯。
• 已取消覆蓋先前在Workflow輸出配置中可見的元數據角色的選項。
• 修復了當工作台數據位置指向系統上的文件而不是文件夾時發生的錯誤。它現在將在“工作台導航”區域中顯示為不可用。
• 在配置和執行工作流時啟用了所有參數的工具提示。
• 從工作台到CLC服務器的登錄過程現在必須完成，才能打開clc網址。
• 在Mac上修復問題，其中的Workbench未被識別為clc：// urls的自定義協議處理程序。
• 解決了一個罕見的異常，可以通過雙擊切換編輯器視圖來觸發。

<7.6>版本7.6.3中的新功能：

新功能和改進

• 現在可以對所選元素進行批處理：以前只能對選定的文件夾進行批處理。
• 現在，當使用在NCBI工具搜索序列時，可以選擇“EST”作為數據庫。
• 現在，可以作為工作流程和服務器的一部分執行“樣品的分層聚類”工具。
• 處理大型報表元素時改善了內存管理。
• 系統發育樹葉上的工具提示現在顯示所附序列的描述。
• 在使用“工作流程的打開副本”創建工作流程副本時，不再將數字附加到工作流程元素的名稱。
• 元數據管理。跟踪輸入文件並導入樣品的元信息。

修正錯誤

• 修復了安裝第三方授權插件時工作台會顯示錯誤訊息的罕見問題。
• 修復瞭如果對錶進行過濾或排序，在Blast結果表中選擇條目可能會突出顯示Blast編輯器中錯誤的對齊方式的問題。
• 修復了在“設計基礎”編輯器中單擊註釋可能會導致錯誤消息的問題。
• 修正了跨越圓形序列末端的註釋不正確地放置在圓形序列視圖中的問題。
• 修復瞭如果在圓形視圖中顯示某些序列並使用標籤的徑向呈現，導致工作台凍結的錯誤。
• 修復了導出的報告在某些情況下有錯誤的作者。
• 修復了一個問題，即創建框圖和主成分分析有時可能會使用非法參數運行，導致錯誤消息。
• 反向互補序列工具的輸出現在獲取後綴-RC附加到輸入名稱，而不是之前的
。
• 修正了當長分子（> 1000個核苷酸）選擇計算分區函數的選項時，“預測二級結構”工具中的錯誤。
• 修復了在非常大的工作流程上完全縮小後無法放大的問題。
• 修復了阻止Windows驅動器上的根文件夾用作文件位置的問題。
• 修復了在Windows上更新現有安裝將導致刪除.vmoptions文件，這使Workbench使用默認Java配置運行的問題。

<7.6>版本7.6.2中的新功能：
Bug修復
• 添加了一個有關Java問題的工作，偶爾導致工作台顯示一個不知情的錯誤，需要重新啟動才能繼續工作。
• 修復了在NCBI上運行BLAST的問題，其中NCBI生成的關於超出CPU使用限制的錯誤未被透明報告，並且未報告“無匹配”的結果。
• 已應用修復程序，以避免在從BLAST清除下載的文件時出現異常。
• 反向翻譯工具忽略了密碼子頻率表中指定的任何遺傳密碼。因此，所有反向翻譯將缺省為標準遺傳密碼。
• 安裝包含捆綁數據的工作流時，無法再選擇用於存儲數據的只讀文件夾。
• 在從文件夾編輯器或本地搜索編輯器導出元素時，修復了“支持的格式”的錯誤顯示。
• 修正在編輯通過本地搜索編輯器找到的文件時可能出現的錯誤文件
• 報表中的繪圖現在會顯示已保存的側面板設置。
• 修正通過側面板保存不同線條顏色的圖表。
• 已啟用側面板選項，可顯示具有超過10個樣本的繪圖的圖例。
• 修復了在為空數據集呈現圖形時導致錯誤的問題。
• 修復了“清空回收站”選項有時無法正常使用的問題。

版本7.6.1中的新功能：


新功能和改進
• GTF導出器現在可用於主工作台。
• Transcriptomics實驗和样品表現在可以排序，即使有大量的行。
• 改進了Excel，HTML和製表符分隔的變體導出（僅選擇您需要的註釋/列）。

Bug修復
• 修復了影響克隆編輯器中“剪切序列之前/之後的剪切”工具的錯誤。
• 修復了左鍵單擊後快速右鍵單擊被解釋為雙擊OS X（在持久性搜索結果列表，工具箱樹和工作流程編輯器中）。

版本7.6中的新功能：

新功能和改進
• 曲目：
  • 在使用額外的表列豐富變體曲目和註釋曲目時，輸出一致。這些工具的輸出軌道現在具有相同數量的添加的表列，並且列將始終以相同的順序。以前，如果添加的列具有所有變量行的空值，則它將從最終表中刪除，導致在使用相同工具/工作流處理多個樣本時，附加列的數量和相對順序不同。現在保留所有列，便於下游處理導出的表，並即時可視地引用已應用的富集/註釋工具，即使它們沒有為特定樣品產生任何結果。
  • 不同的曲目和註釋曲目的表格現在可以使用包含多個數字的單元格對列進行排序和過濾。
  • 改進了變體曲目的曲目查看器，以在已渲染的變體上顯示序列更改。
  • 圖表曲目現在顯示向上填充到y = 0的負值（如預期）。
  • 將表格導出為CSV，製表符分隔的文本和Excel時，數字的小數位數增加。
  • 改進了與低磁盤空間相關的錯誤報告。
  
  

<7.5>版本7.5.1中的

新功能：

• 現在可以運行沒有可選輸入的工作流程。
• AAC工具沒有使用HGVS c.xxx格式用其DNA水平變化註釋3'UTR中的變體。這會影響使用Gx 7.5或更早版本根據舊版本的ENSEMBL CDS軌道進行的任何分析。應使用Gx 7.5.1重新編寫AAC分析以獲得正確的註釋。
• 修復了Pfam過濾錯誤。以前，Pfam只報告了查詢中每種類型的第一個域，因此錯過了許多域。我們建議研究依賴於Pfam註釋的用戶對其數據重新運行此工具。
• 修復了在為某些輸入對齊生成引導值時失敗的“最大似然系統發育”工具中的錯誤。
• 修復了在工具嚮導中選擇對像作為參數時滾動到相關文件的問題。
• Blast文字結果已改進，因此無論是否為strand，都會顯示正確的查詢和主題位置。
• 修復了當選擇在CLC服務器上運行BLAST操作時阻止BLAST操作的問題。
• 現在可以運行沒有可選輸入的工作流程。
11 Nov 16 在 教育和科學軟件, 學軟件