Basic Local Alignment Search Tool

基本局部比對搜索工具是在短的BLAST是一組旨在探討不管查詢是否是蛋白質或DNA的所有可用的序列數據庫相似性搜索的程序。
它使用了啟發式算法旨在局部而不是全局比對，並且因此能夠檢測它們共享相似性僅隔離區的序列之間的關係。
它可以在本地運行作為一個完整的可執行程序，並且可以被用來針對私人，本地數據庫運行BLAST搜索，或下載的NCBI數據庫的副本。它運行在Mac OS，Win32中，Linux和Solaris，IBM AIX，SGI，康柏OSF和HP-UX系統

什麼是此版本中的新：

• 改進：
• 在增強的文檔，包括http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1762簡化的安裝說明，可用
• 在增加了對硬屏蔽的BLAST數據庫的支持。
• 在提高makeblastdb的FASTA輸入，大量序列的性能，提高錯誤檢查。
• 在允許BEST HIT選項和XML格式的Blast2Sequences模式
• 在允許PSIBLAST多個查詢序列。
• 在規範允許任何多序列比對的序列作為主用-in_msa PSIBLAST說法。
• 在添加一個可選的-input_type參數makeblastdb。
• 在增加了對查詢和受長度表格輸出的支持。
• 在-seqidlist參數性能提升。
• 描述和比對的數目的最小現在用於表格和XML輸出（與舊blastall應用程序的行為一致）。
• 在錯誤修正：
• 在Makeblastdb和blastdbcmd問題分析，存儲和檢索序列標識符。
• 在缺少主題標識符表格輸出。
• 在Blast_formatter忽略-num_alignments和-num_descriptions
• 在高爐存檔格式可以與多個查詢保存不正確。
• 在Blast_formatter建立了不必要的網絡連接。
• 在Blast_formatter沒有保存正確屏蔽信息。
• 在Rpstblastn可能會崩潰，如果搜索許多序列。
• 在索引MEGABLAST不會在多線程模式下運行。
• 在保存PSIBLAST的PSSM查詢標題沒有被保存。
• 在可能的故障在多線程模式與多個查詢或大型數據庫序列中運行。
• 在TBLASTN運行與數據庫屏蔽可能會錯過比賽。
• 在defline截斷輸出順序與輸入多餘的空格
• 在與MacOSX的10.5 MacOSX的二進制文件問題

什麼在2.2.24版本是新的：

• 在推出BLAST存檔格式允許待機動的格式化單獨BLAST與blast_formatter搜索。
• 在它增加了BLAST數據庫，翻譯學科的軟屏蔽的支持。
• 在它增加了對回溯BLAST操作（BTOP）輸出格式的支持。
• 在它增加了命令行選項來blastdbcmd上市提供BLAST的數據庫。
• 在遠程BLAST搜索格式的改進的性能。使用一致的退出代碼的內存不足情況。
• 在索引MEGABLAST多個空格分隔的BLAST數據庫中的錯誤修復。

什麼是2.2.19版本的新：

• 在該BLASTDB環境變量現在支持多個數據庫搜索路徑。當可能時，較小的蛋白質的查找表被用來提高性能。
• 在formatrpsdb現在支持創建大於2G的數據庫。
• 在seedtop現在支持搜索與GI名單。
• 在為BLASTN的X3值/ MEGABLAST已得到糾正。