最好的 生物信息學 為 STEPS Development Team

STEPS是包在任意複雜的三維幾何精確的隨機模擬反應擴散系統。我們的堆芯模擬算法的Gillespie的SSA的實施方案，延長處理過的分子三維四面體網狀物的元素的擴散。雖然它主要開發用於模擬在樹突和周圍神經突觸的信號通路的詳細模型，它是一個普通的工具，可以用於研究任何生化途徑中的空間梯度和形態被認為發揮作用。我們已實現的步驟作為一組Python模塊，這意味著步驟的用戶可以使用Python腳本來控制建立模型，生成網格，控制模擬和產生和分析輸出的所有方面。核心計算例程仍實現為用於執行的最大速度的C / C...