Bioinformatics Benchmark System

生物信息學標杆體系是要建立一個合理的測試框架，測試和數據，以使最終用戶和廠商探討他們的系統的性能的一種嘗試。
我們現在要做的是創建一個用於測試的框架，以及測試核心組都可以下載並使用探測系統性能的具體內容。
此外，源頭上這些測試是根據GPL提供，並託管在Bioinformatics.org和可擴展的情報有限責任公司的想法是，以使最終用戶，消費者，系統開發商，和其他人輕鬆地構建和使用的測量和調整的原因有意義的測試。
喬蘭德曼從可擴展的情報LLC構思的想法，並寫了原來的代碼。我們正在尋找更多的基準碼建議，測試，數據集等。
電流基準測試幾種NCBI BLAST運行時，幾個HMMER運行，以及各種其他的。我們計劃包括ClustalW比，X！串聯，各種化學，動態，以及相關的測試，以及其他幾個人。
檢查如LINPACK或HPL根本不為高性能信息學提供有意義的性能指標或預測模型。不幸的是，也沒有許多更近和聚焦檢測。
這是一個問題，因為LINPACK和HPL特別測試各種矩陣運算，在這裡有有效規則的存儲器訪問模式和特定的數學運算的性能。
這些代碼進行比較，碼重浮點運算，並交叉存取內存交通最有用的。這些代碼的設計並不適合全面系統基準測試，其中的磁盤I / O，內存延遲等因素都有助於性能問題。
最好的測試是那些最為相似的，你會在計算機上運行的代碼。這些測試本身應該是合理的近似的代碼真正執行，用真實的數據。您可能需要削減回為了得到真實的運行時間。
你應該有數據大小的合理子集。一個單一的測試不會告訴你你的系統如何擴展，和的原因，本次測試中是否存在等一種是專門讓你當你增加工作量的各個方面測試的表現。
你很少得到一個靜態的系統在一個集群中，所以我們建議您嘗試作為現實的操作環境地運行。在靜止系統中的基準是好的，但它可能會不合理地設定您的期望。
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