Cytoscape的是用於可視化的分子相互作用網絡和生物學途徑和整合這些網絡與註解,基因表達譜,和其他狀態數據的開放源碼的生物信息學軟件平台。雖然Cytoscape的最初設計用於生物研究,現在它是複雜的網絡分析和可視化的一個通用平台。 Cytoscape的核心分佈提供了一組基本的功能,數據集成和可視化。附加功能可作為插件。插件可用於網絡和分子分析分析,新的佈局,更多的文件格式的支持,腳本,並與數據庫的連接。插件可以通過使用基於Java技術和插件社區發展是鼓勵Cytoscape的開放API的人得到發展。 ...

DNA Baser

DNA Baser 3.5.4

易於使用對齊軟件進行DNA序列組裝,重疊群編輯,以及Windows突變檢測。它是分子生物學軟件,可以在重疊群查看和組裝序列。產品特點:年底夾子,出口序列,組件,代碼檢測。脫氧核糖核酸卑劣是用於DNA序列的組件重疊群的產生一個廉價的替代。支持的文件格式是ABI,SCF和seq(或FASTA)。功能結束夾,出口和汽車裝飾。...

FlexNovo

FlexNovo 1.6.3

FlexNovo是基於所述FLEXX技術的增量構成的配位體中的活性位點的新的分子設計程序。它有利於一個片段為基礎的方法從頭設計中靶的三維結構的情況下。它意味著是一個集成的和用戶定制的理念生成系統。它表明新的結構基序,設計鉛原型庫,並且在提出新穎支架以及替代結合模式為靶蛋白。它也有利於在活性位點的深度的配位體的演變,如果一個啟動。該軟件可以是即使有專業知識結合起來,例如,考慮到與目標鍵相互作用,特定的化學基序,或某些物理化學性質更加強大。...

PoseView

PoseView 1.1.2

PoseView一個緊湊的工具,其能夠通過提供結構數據作為原始PDB文件,以產生二維圖表。該輸入可以直接來自晶體結構,或由一個對接程序計算,例如。輸出可以可視化在一GUI或出口到PNG-,PDF-或XFIG文件。...

SketchEl

SketchEl 1.56

SketchEl是一個互動的化學分子素描工具和分子電子表格數據錄入應用程序。通過分子繪提供的功能集主要限於方便編輯的小分子結構圖表示法所需的最小特徵。工具欄,模板,鼠標手勢,鍵盤快捷鍵,實用程序命令,和幾個視圖模式,以使這個盡可能的方便提供。分子可以容易地互變與無處不MDL MOL文件格式。分子圖被在高質量交互呈現,並且也可以被導出為SVG圖形。 。SketchEl的新數據表功能允許查看和簡單的數據表,為此,每列是一種常見的標量型或分子編輯 要求: < P> Java...

SASfit

SASfit 0.93.4

SASfit是專為您提供程序擬合結構模型,以小角散射數據的簡單,方便,而且非常易於使用的應用。它可以計算就像迴轉半徑,散射不變,並Porod恆整體結構參數。它可以容納大小分佈連同若干形式的因素,包括不同的結構因素。另外的算法已被實施,它允許同時適應幾種散射曲線與一個共同的參數集。全局擬合有助於明確確定哪通過分析單個曲線會否則強烈相關擬合參數。...

QuasiRecomb是運行在命令控制台,模擬馬爾可夫模型生成病毒準種的輕量級應用程序。它描述了病毒準種和一種方法的產生,通過分析下一代測序數據來推斷其參數。模型驗證對模擬數據,示出的顯式服用重組過程考慮在內的優點,並且通過對讀取從實驗HIV樣本獲得的塗敷試驗。它提供了EM算法的實現找到模型參數,並估計病毒株在準種的分佈方法的最大後驗估計 要求:...

InDelFixer是java程序刪除框移位造成插入或刪除,從下一代測序數據。在某些情況下,已知的感興趣的蛋白質具有幀偏移沒有變體。這些幀偏移可以與一個給定的參照基因組(或多個對準在以後的版本)進行校正。該程序接受標準流程克格式的文件,FASTA / PacBio CCS文件,Illumina的配對末端數據FASTQ文件 要求: Java...