The Chemistry Development Kit

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The Chemistry Development Kit
軟件詳細信息:
版本: 1.5.13 更新
上傳日期: 26 Apr 16
許可: 免費
人氣: 36

Rating: 3.7/5 (Total Votes: 3)

化學開發工具包(也稱為CDK)是一個獨立於平台,免費發布的,並在Java中實現的開源庫軟件,尤其是對於結構生物信息學,化學信息學和計算化學設計的。

該項目包括專門針對誰想要重用代碼節省了大量的時間和精力程序員量身定做各種有用的算法和數據結構。化學開發工具包的目的不是要由最終用戶使用。


在功能一覽

主要功能包括讀取和渲染的化學結構,支持QSAR支持寫化學數據格式,支持(定量結構&ndash的;活動的關係)。描述,以及對配套的化學圖論內置算法

為了您的方便,應用分佈在JAR文件格式的預構建的二進制文件。要在項目中使用它,使用上面的鏈接,在這裡你還可以找到程序&rsquo的只需下載從Softoware最新的穩定版本; S源碼包

程序員將找到有關如何從源代碼編譯程序的詳細信息,如何運行各種測試,以及如何在位於tar.gz的歸檔中的README.txt文件其他程序使用它。


引擎蓋下和支持的操作系統

在CDK的引擎蓋下縱觀(化學開發套件)軟件,我們可以何況,它已經在Java語言編寫的。

目前,它與GNU / Linux上,微軟Windows和Mac OS X操作系統的32位和64位的口味完全兼容。和Java開發工具包(JDK) 但是,應該由Java運行時環境(JRE)&NBSP支持的OS工作的技術

什麼是新的在此版本中:

  • 正式負責IAtomcontainer被轉移到IMolecularFormula
  • 修正錯誤2787332在gasteiger收費計算舊債券陣列設置為
  • 更新修復的bug 2788357 SMARTSQueryTool現在抓住TokenMgrError在construc
  • 增加了新的Taglet的處理cdk.githash標籤和鏈接的Javadoc消息來源在Git中回購
  • 更新cdk.svnrev標籤cdk.githash標記
  • Bug_2787332。增加了對三氯生的分子測試(InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
  • 刪除過時的渲染代碼:要么使用CDK-1.0.x的或jchempaint小學
  • 新增的解析器測試套件測試錯誤2786624
  • 添加鏈接頁面PMD
  • 添加了指向的JUnit統計
  • 添加類列表模塊中,鏈接到每晚@貝利
  • 新增設立創建模塊的HTML頁面
  • 新增設立創建模塊的HTML頁面

什麼是新的在1.5.10版本:

  • 正式負責IAtomcontainer被轉移到IMolecularFormula
  • 修正錯誤2787332在gasteiger收費計算舊債券陣列設置為
  • 更新修復的bug 2788357 SMARTSQueryTool現在抓住TokenMgrError在construc
  • 增加了新的Taglet的處理cdk.githash標籤和鏈接的Javadoc消息來源在Git中回購
  • 更新cdk.svnrev標籤cdk.githash標記
  • Bug_2787332。增加了對三氯生的分子測試(InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
  • 刪除過時的渲染代碼:要么使用CDK-1.0.x的或jchempaint小學
  • 新增的解析器測試套件測試錯誤2786624
  • 添加鏈接頁面PMD
  • 添加了指向的JUnit統計
  • 添加類列表模塊中,鏈接到每晚@貝利
  • 新增設立創建模塊的HTML頁面
  • 新增設立創建模塊的HTML頁面

在什麼版本1.2.2是新的

  • 固定鏈接。次優,作為路徑仍然是硬編碼到一個每晚實例,但我們沒有XML框架尚未在所有Nightlies版總結的東西(運行
  • 更新版本號
  • 補充測試,以確保IAtomContainers不通過IMoleculeSet.add(IAtomContainerSet)潛入在
  • 改寫addAtomContainer(IAtomContainer,雙)也是如此,當非IMolecule傳遞給拋出IllegalArgumentException
  • 現在,拋出當試圖存儲的IAtomContainer這是不是一個IMolecule一個IllegalArgumentException
  • 為#2784182添加單元測試
  • 利血平新的測試
  • 增加了對線程安全tagl​​ets
  • 隨著一個原子或更少,我們將其定義為連接,因為沒有需要的分區(修復#2784209,的NullPointerException上IAtomContainer無原子)
  • 了BUG#添加單元測試2784209目前無法
  • 更明確去除包org.openscience.cdk名稱:拋出條款
  • 更明確去除包裝org.openscience.cdk名
  • 更明確去除包org.openscience.cdk名稱:新org.openscience.cdk.Foo()調用
  • 刪除明確org.openscience.cdk.interfaces包名稱(修訂#2783549)
  • 刪除明確包名稱,有利於進口,為datadebug模塊org.openscience.cdk(修訂#2783549)
  • 刪除明確包名稱,有利於進口,數據模塊中org.openscience.cdk(修訂#2783549)
  • 在AllRingsFinder遞歸選項的突破
  • 從字符串元素公式提取的費用。
  • 從字符串元素公式提取的費用。
  • 質量的控制器,當它是在該範圍的
  • 更新智能H公司添加到PLANAR3 N,修復錯誤2781199
  • 添加測試用例錯誤2781199
  • 調用catch塊內作出CDKException構造現在包括根異常保存堆棧跟踪
  • 調用catch塊內作出CDKException構造現在包括根異常保存堆棧跟踪
  • 調用catch塊內作出CDKException構造現在包括根異常保存堆棧跟踪
  • 調用catch塊內作出CDKException構造現在包括根異常保存堆棧跟踪
  • 調用catch塊內作出CDKException構造現在包括根異常保存堆棧跟踪
  • 調用catch塊內作出CDKException構造現在包括根異常保存堆棧跟踪
  • 調用catch塊內作出CDKException構造現在包括根異常保存堆棧跟踪
  • 調用catch塊內作出CDKException構造現在包括根異常保存堆棧跟踪
  • 調用catch塊內作出CDKException構造現在包括根異常保存堆棧跟踪
  • 調用內的catch塊現在包括根異常保存棧跟踪中進行CDKException構造
  • 調用內的catch塊現在包括根異常保存棧跟踪中進行CDKException構造
  • 調用內的catch塊現在包括根異常保存棧跟踪中進行CDKException構造
  • 調用內的catch塊現在包括根異常保存棧跟踪中進行CDKException構造
  • 調用內的catch塊現在包括根異常保存棧跟踪中進行CDKException構造
  • 增加了單元測試,以確保SD字段讀取所有分子
  • 分裂測試
  • 新文件
  • 為CML更多的測試閱讀
  • 新增的單元測試#1848591:不正確Murcko框架
  • 固定演員,刪除冗餘的完整包名
  • 為#2692107添加單元測試
  • 修正了拼寫錯誤:失踪的“

什麼是新的在1.2.1版本:

  • 修正錯誤2714283,它正確地拋出一個異常時,環未正確關閉。如果環不與適當的環數關,InvalidSmilesException被拋出。匹配日光行為
  • 修正錯誤2729120,並添加單元測試
  • 更新註釋,以修正錯誤2768643。
  • 為它的錯誤2719237.製造getBondOrderSum靜態,添加單元測試部分修復
  • 錯字:proteinl - >蛋白
  • 類製造公眾,別讓它添加到build / *。javafiles
  • 部分固定SMARTS為R0匹配。更新的目標分子的初始化明確表示不會在環原子並且還更新RingMembership原子被指定R0時候做明確的檢查。部分修復的bug 2587204
  • 修正可疑相等測試。一個私有方法是通過參考檢查雙對象。正常工作時,他們空。當我們需要通過值來比較失敗。代碼被更新,以考慮到這一點。加入單元測試(和所取得的方法保護的,以便它可以被測試)
  • 補充檢驗方法的註釋。完成覆蓋數據模塊
  • 重構ChiIndexUtils,使其包專用。清理公共API,因為它僅由志描述代碼。更新了所有依賴的類。移動測試代碼(這需要填寫!),以及
  • ChiIndexUtils的代碼清理。轉換為1.5成語
  • 清理PathTools和補充檢驗方法的註釋,使核心完全覆蓋
  • 修正了先前的承諾編輯cdk.keyword線,而不是cdk.module行
  • 用更一致的關鍵字
  • 增加了一個試驗,以確保Integer對象按值進行比較,而不是參照
  • 添加一個測試用例來檢查原子容器的diff使用反序列化對象時是正確
  • 固定IntegerDifference因此,它實際上檢查整數值,而不是Integer對象的引用。修復其中一個對象序列化到磁盤,然後反序列化不匹配原始對象的問題(即非空字符串的diff)
  • 應用補丁#2675819(斯特凡·庫恩):補丁到removeReaction添加到reactionSet
  • 使用接口​​而不是執行
  • 刪除未使用的進口
  • 使用IAtomContainer代替IMolecule,作為實際匹配使用IAtomContainers已經(修訂#2686249)
  • 修正了一個ClassCastException(修訂#2685134)
  • 添加源ATTRIB修復建設Ubuntu的.deb文件
  • 修正了幫助構建系統:使用的doclet罐子在dev​​eljar /;更新了新的src文件夾中的src / main;刪除非常過時的使用rt.jar中的
  • 刪除libdepends包括測試ioformats,它實際上並沒有libdepends
  • 更新,這樣,如果一個靶原子不具有的符號(如偽原子)的比賽返回false(而不是NPE)
  • #n的固定妥善處理妙語querys
  • 添加測試用例錯誤2686473
  • 在螞蟻1.7.1添加了注意事項需要
  • 修正了一個NPE來源:“空== 2”導致異常,所以首先測試NULL的含量
  • 修正了版權聲明,2009年
  • 的佈局模板,其中僅SDG模塊中屬於固定的重複存儲,而不是額外的模塊太
  • 合併分支混帳SVN / CDK
  • 的../../'local1.2“

在什麼版本1.2.0新是

  • 修正了幾個SMARTS解析問題,使用兩-letter符號和IPseudoAtom在指紋識別器,並增加了4個新的原子類型定義,碘,硫。

在什麼版本1.1.5新是

  • 晴bug修復

什麼在版本1.1.4是新的

  • 大多是小錯誤修正

在什麼版本1.1.1是新的

  • 大多是小bug修復和一般的代碼清理。

在什麼版本1.1.0是新的

  • 有很多很多的變化

要求

  • Java 2標準版運行環境

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