GAMGI

GAMGI 是一個開源且完全免費的軟件項目，從頭開始設計用於創建和分析原子結構。它具有圖形用戶界面，簡單，乾淨，易於使用且功能強大。

該應用程序支持各種原子結構，如晶體，分子，液體和玻璃。它還支持230個晶體空間群，可用於執行3D Voronoi分析和點對稱。

GAMGI支持許多對像類型，包括Text，Orbital，Bond，Atom，Direction，Plane，Group，Molecule，Cluster，Cell，Arrow，Shape，Graph，Assembly，Light，Layer和Window。此外，該程序提供對低級對象的最大控製作為原子。

在其他功能中，我們可以提到構建RCP（隨機封閉包裝）結構的能力，任何對稱空間群的晶體，以及隨機結構的協調多面體和Voronoi。它還可以確定任何點對稱組。

附帶全面的文檔

另一個有趣的功能是能夠在對象列表或先前突出顯示的單個對像中執行操作。它帶有全面的文檔和原子數據，包括同位素數據和離子半徑。此外，該軟件可以操縱大量獨立的窗口，燈光，包括點，方向和位置，具有各種可見性，參考，視口或投影的圖層，以及可以被描邊或擠壓的3D文本字體。

GAMGI應用程序也可用於學校和大學，以教授物質的原子結構。對於從事原子建模工作的科學家，以及那些需要開源應用程序來研究原子結構並為其演示文稿準備圖像的人來說，它是完美的工具。

什麼是新的在此版本中：

• 更新了幫助 - ＆gt; Light和Atom對象的配置文件。
• 同步gamgi-g和gamgi-x樹。
• 更新了gamgi_expat_import_object：使用新配置規則將Cell對像數據導入XML文件應該可以正常工作。
• 更新了gamgi_expat_export_object：使用新的配置規則將Cell對像數據導出到XML文件現在工作正常。
• 在Cell-＆gt; Create和Cell-＆gt;修改，原型向量和Axes向量現在會在模型更改時自動更新為默認（常規或原始）選項。
• 替換單元格＆gt; border = FALSE by cell-＆gt; borders = GAMGI_PHYS_NONE，in engine，gtk，expat和mesa code。
• 更新了gamgi_expat_export_config：將Cell配置數據導出到XML文件現在正常工作
• 更新了gamgi_expat_import_config：從XML文件導入Cell配置數據現在正常工作
• 改進了Cell-＆gt; Config對話框，以處理模型，邊框，面和節點的默認值。
• 重新設計的對象 - ＆gt;配置對話框：配置數據現在在默認數據（在與對象 - >創建對話框中具有相同名稱的頁面中）和全局數據（適用於所有對象，舊和新的），在全球（最後）筆記本頁面。受影響的對話框：Atom-＆gt; Config，Cell-＆gt; Config，Light-＆gt; Config。
• 已實施Cell-＆gt; Config對話框和基礎結構。現在可以為GAMGI中的所有單元格全局設置單元格邊框線，節點和矢量軸的大小，這是一項非常需要的功能。單元顏色和軸使用的默認值也已設置。
• 修正了gamgi_gtk_bond_create中的問題：static_init中設置的顏色忽略了之前的配置數據。
• 修復了gamgi_mesa_draw_pick和gamgi_mesa_draw_grab中的問題：單元格渲染點寬度設置為線寬而不是點寬。

版本中的新功能：

• 修正了剛剛介紹的錯誤：刪除GL上下文後，我們無法取消GDK visual。剛刪除此代碼。顯然，當小部件被銷毀時，GTK就會這樣做。
• 改進了gamgi_gtk_area.c，用於X版GAMGI，用我們自己的基於GLX的代碼替換GTKGLExt庫。 Javier Cabezas將此代碼移植到GTK 3並且工作正常！返回移植後的更改，因此GTK 2和GTK 3的代碼之間的差異非常小。
• 由於a，b，c單元軸，我們不能使用r，g，b顏色。
• 改進了軌道中的軸佈局 - >創建和軌道 - >修改對話框。
• 將軌道中的標籤模型更改為範圍 - >創建和軌道 - >相應地修改和更改了幫助界面。
• 選中了所有幫助格式文檔頁面。
• 更新了群集格式的幫助文檔。
• cluster-＆gt; paint數組不再以零終止。
• 同步gamgi和gamgi_exp分支。
• 在XML文件中，在組元素中，通過引用替換屬性類型。
• 更新了平面和方向格式的幫助文檔。
• 更新了組接口和格式的幫助文檔。
• 將歐盟商標GAMGI更新至2024年。
• 將源代碼和文檔許可證更新為GPL v3。
• 開始使用sha256sum校驗所有分發文件。
• 將gamgi.org域名註冊更新至2020年。

版本0.17中的新功能：

• 修復了GAMGI分支中不需要GtkGlExt庫的makefile錯誤（在gamgi0.15.6中引入）：make_rules包含不應該存在的gtkglext依賴項。
• 飛機，現在可以通過投影網選擇方向：Wulff或Schmidt。
• gamgi和gamgi_exp分發樹之間的同步代碼，文檔和數據文件。
• 檢查dat /軌道XML文件以更新軌道軸屬性。
• 檢查所有dat / XML文件，以原子元素中的標籤替換屬性類型。
• 檢查所有dat / XML文件，以便按模型，平面，方向，單元格元素替換屬性類型。
• 為了保持一致性，全局替換了net在方向和平面代碼以及XML元素中的名稱投影。
• 為了保持一致性，在單元格，平面，方向代碼和XML元素中按模型全局替換名稱類型。
• 將標籤類型更改為單元格中的模型 - >創建和單元格 - >修改。
• 更改標籤方法以鍵入Bond-＆gt;創建。
• 更新了幫助 - ＆gt; XML平面和方向對象的格式文檔。
• 更新了幫助 - ＆gt;平面中類型和投影的接口文檔 - >創建，平面 - >修改，方向 - >創建，方向 - >修改。
• Debye-Waller原子溫度現在只能在0.0（藍色）和100.0（紅色）之間取值，如本分析中通常的那樣。
• 更新了Bond對象的接口和格式文檔。
• 修正了默認的Debye-Waller原子溫度：新值為0.0，對應於具有眾所周知位置的原子。
• 更新了Atom和Cell對象的格式文檔。
• 幫助 - ＆gt;當前和幫助 - ＆gt;主題現在可以閱讀Orbital-＆gt;修改的文檔。
• 為Orbital撰寫文檔 - ＆gt;修改。
• 更新了Orbital-＆gt;創建文檔。
• 軌道軸現在以更簡單的方式處理，包括Orbital-> Create，Orbital-＆gt; Modify和XML原生文件。
• Orbital-＆gt; Select現在適用於所有選項，包括可用於選擇軌道的許多屬性。
• 稍微簡化了gamgi_gtk_select _ *。c。
的功能
• 修正了H軌道代碼中的兩個錯誤，在GAMGI 0.16.6中引入：1）術語rho ** L（來自Laguerre多項式）和1 / r ** L（來自Legendre函數）相互抵消，除了遺失的常數。 2）默認半徑計算缺少rho ** L term。
• 現在可以通過模型選擇平面列表：Polygon，Pole，Trace，Vector。
• 現在可以通過模型選擇路線列表：Line，Pole，Trace。

版本0.16.8中的新功能：

• 在立體投影中，在極點位圖（GAMGI_MESA_OFFSET_BITMAP）中稍微提高了z高度，因此它們總是出現在跡線上方。這樣可以修復視覺故障，但也可以更容易地選擇帶有痕蹟的桿，因為顏色現在已經清晰分開。
• 同步gamgi和gamgi_exp代碼分支。
• 在Plane-＆gt; Modify and Direcyion-＆gt; Modify中更新了static_press，因此自動名稱設置不會覆蓋對象名稱。
• 平面中的自動名稱更改 - >修改和方向 - ＆gt;現在，修改工作正常，適用於晶面，方向。
• 在平面中找到並刪除了一個錯誤 - >創建和方向 - >創建：在某些情況下，忽略了用戶指示的對象名稱。
• 在平面中找到並刪除了一個嚴重錯誤 - >創建和方向 - >創建：使用先前使用列表第二級對話框創建的列表創建平面/方向後，這些錯誤未正確重置。在某些情況下，這可能會導致GAMGI崩潰。
• 在平面中找到並刪除了一個錯誤 - >創建和方向 - >創建：極點和跟踪不是在需要時同時創建的，每次只有一個。
• Orbital-＆gt; Select正在運行。與其他對像一樣，可以復制，鏈接，選擇，修改，刪除軌道列表。
• 同步gamgi和gamgi_exp代碼分支。
• 固定單元格 - >鏈接：對於單元格列表，對象（上方和下方），水晶和隨機模式，它（再次）正常工作。
• 找到並刪除了一個簡單但嚴重的錯誤：當多個窗口打開且對象列表處於活動狀態並被選為當前對象時，重置（但不是退出）會使Gamgi崩潰。
• Cell-＆gt; Link Random（RCP）無效：由舊代碼替換。 Cell-＆gt; Link需要更多的工作。
• 再次使用-O3標誌進行編譯。
• 修復了所有對象 - >選擇對話框中的嚴重錯誤，方法區域：當採樣矩形未完全位於圖形區域內時，某些採樣顏色將不確定，按下確定時GAMGI將崩潰。很久以前就發現了撞車事故，但直到現在還不清楚原因。

版本0.16.7中的新功能：

• 同步gamgi / dat和gamgi_exp / dat數據樹。
• 同步gamgi / doc和gamgi_exp / doc文檔樹。
• 同步gamgi / src和gamgi_exp / src代碼樹。
• 修復了Orbital中的更多GUI故障 - >修改。
• 固定軌道 - ＆gt;修改崩潰：軌道 - ＆gt;點必須重置為0.
• www.gamgi.org和ftp.gamgi.org現在由位於Lisboa大學IT中心的VM提供服務。希望這意味著更可靠的連接和更少的時間。
• Orbital中的自動名稱更改 - >現在修改工作正常。
• Atom中的自動名稱更改 - >現在修改工作正常。
• 在Atom-＆gt; Modify。
中實現了自動名稱更改
• 在Orbital中實現了自動名稱更改 - ＆gt;修改。
• Orbital-＆gt;修改現在適用於單個軌道。軌道列表應該在下一個版本中工作。
• 翻譯，輪換，現在可以正常使用Orbital-＆gt;修改。
• 用於軌道的static_apply-＆gt;主要完成修改。
• 完成了軌道的static_grab-＆gt;修改。
• 為Orbital添加了static_ok_global和static_ok_local-＆gt;修改。
• 完成了軌道的static_press-＆gt;修改。
• Orbital-> Modify的GUI行為已基本完成。
• 開始使用Orbital-＆gt;修改和軌道 - >選擇。
• 更新了gamgi_mesa_pick.c和gamgi_mesa_grab.c，以考慮軌道的實體表示。
• 修正了軌道軸mesa繪圖代碼中的一個小錯誤。
• 拉蓋爾多項式有一個因子r ** L（L =角量子數），它與勒讓德函數的因子1 / r ** L完全相反，因此H軌道的數學描述變得更加簡單！感謝Jose Luis Martins指點我！對於這種低概率密度（1E-6），數值問題是如此敏感，以至於在這種簡化之後，即使對於L = 1，軌道視覺表示也會有所不同。

版本0.16.6中的新功能：

• 同步gamgi / dat和gamgi_exp / dat源代碼樹。
• 同步gamgi / src和gamgi_exp / src源代碼樹。
• 添加了屏幕截圖，顯示了軌道的新表示。
• 確定軌道默認採樣半徑時略微增加theta，phi精度：針對（6,5，-5）軌道（6hy5）進行測試。
• 調試代碼以在固體軌道中執行信號插值。現在工作正常！這實際上是在GAMGI擁有世界級軌道代表的最後障礙！截圖時間！今後我們將嘗試減少頂點，法線和三角形的數量，我們可能會實現Gorauld著色，但這些都不會改變我們當前模型的科學和視覺能力。一杯港口慶祝！
• 實現了一種在固態軌道上執行信號插值的方法，以解決前面發現的信號變化不准確問題。
• gamgi_chem_orbital.c和gamgi_chem_orbital.h中的清理代碼。
• 修正了一個錯誤：軌道概率密度沒有正確導出到XML文件。
• 軌道軸現在更易於使用，並有更多選擇。
• 信號代碼現在正在運行：3D軌道看起來非常棒，但信號代碼必須精煉，因為當信號發生變化時，缺少插值會導致過多的視覺噪聲。
• 修正了交換正三角形和否定三角形的代碼。
• 修復了static_edge中的信號插值代碼。
• 解決了與軌道等值面洋蔥效應相關的插值問題：力分數達到[0,1]範圍。
• 固定軌道固體碼邊緣方向：這是精確插值所必需的。
• 修正數值不准確：只是一個分裂立方體的錯誤（如在3D國際象棋棋盤中）。現在看起來很棒！
• 調試固體軌道3D代碼，顯然工作正常，表面仍有一些數字不准確。

版本0.16.5中的新功能：

• 現在可以導出軌道對象，導入到GAMGI原生XML文件。用循環和堆棧版本替換了遞歸static_outside例程，從而消除了固體軌道代碼中的關鍵瓶頸。修復了GTK代碼中的mem洩漏，按顏色選擇對象的sintax錯誤，未使用的變量引起的警告等。

版本0.16.4中的新功能：

• 同步gamgi和gamgi_exp源分支。
• 更新了make_local，包括路徑：-I / usr / lib / i386-linux-gnu / glib-2.0 / include，-I / usr / lib / i386-linux-gnu / gtk-2.0 / include，used由Ubuntu。
• 修正了新實體軌道代碼中的一個錯誤：r長度測試在有線表示中有意義，但在實體代碼中沒有意義！
• 在最壞的情況下，新的遞歸代碼適用於160x160x160的位數組。
• 查找外表面的遞歸代碼會因大於50x50x50的位數組而崩潰。尋找循環替代方案。
• 軌道代碼：波函數插值產生基於三角形的表示非常有效。
• 基於H的軌道中平面曲面的基於三角形的2D立體渲染現已經過良好測試，工作正常！這對於構建這些軌道的基於八分圓的表示非常重要，用戶可以選擇要顯示的八分圓。
• 添加了新的鏡像，http：//atom.ist.utl.pt和ftp://atom.ist.utl.pt，以便將來主持gamgi.org。
• 為高溫β-石英，β-方石英和β-trydimite添加了漂亮的結構和信息文件。
• 實施了一個新鏡像：http：//gamgi.ist.utl.pt/或http://www.gamgi.ist.utl.pt/。
• 簡化了在有線模式下選擇H-Orbital八分圓的方式。
• 對於每個H軌道八分圓，編寫拓撲代碼以構建描述外部三維等值面（四維立方體算法）所需的所有三角形，以及內部二維八分圓邊界。
• 對於每個H軌道八分圓，編寫並測試了消除內部等值面所需的位數組代碼，並僅顯示外部等值面。
• 在gamgi_chem_orbital.c。
中簡化了八分圓二進制代碼

版本0.16.3中的新功能：

• 提高了所有對象 - >複製對話框的可讀性。
• 添加了Orbital的文檔 - >創建，軌道 - >複製，軌道 - >鏈接和軌道 - ＆gt;刪除。
• 升級幫助 - ＆gt;當前和幫助 - ＆gt;主題分配軌道 - >創建，軌道 - >複製，軌道 - >鏈接，軌道 - ＆gt;刪除。
• 同步gamgi和gamgi_exp樹。
• Orbital-＆gt; Link現在正常工作（尚未實施的軌道列表）。
• 修復了所有link_object.html文件中的小故障，當幫助子系統嘗試打開其中一個文件時，會出現GAMGI錯誤消息。
• Orbital-＆gt;複製現在正常工作（尚未實施的軌道列表）。
• Orbital-＆gt;刪除現在工作正常（尚未實施的軌道列表）。
• 開始構建對話框軌道 - >複製，軌道 - >鏈接和軌道 - >刪除。
• Orbital-＆gt;創建對話框中的Octants佈局現在更加直觀。

版本0.16.2中的新功能：

• 同步gamgi /（使用GtkGLExt）和gamgi_exp /（使用GLX）版本。
• 過濾量八分圓現在可以正常運行H軌道。
• 完成搜索基於H的軌道的最佳默認值。默認密度為1E-6，需要顯示6s軌道中的所有區域。積分是50000 x n，這是一個合理的妥協。從f2r2徑向密度的最後一個最大值加上2.0最小長度掃描計算默認半徑，直到最大密度（在θ上搜索，phi）變得低於默認密度。
• 改進，重新設計了軌道 - >創建對話框。
• H軌道現在在Gamgi工作正常。現在查看最佳默認值。
• 添加了構建和渲染H軌道所需的所有代碼。
• 優化H軌道代碼以提高速度。
• 對於所有基於氫的軌道，從n = 1到6，計算出徑向polinomia maxima的距離。
• 對於從n = 1到6的所有氫基軌道，計算出徑向polinomia零點的距離。
• 現在可以像任何其他Gamgi對像一樣創建，縮放（圍繞當前中心），移動，旋轉軌道對象。
• 完成對話軌道 - >創建以構建基於氫的軌道。
• 編寫圖形引擎代碼，以虛線模式渲染基於氫的軌道。
• 在笛卡爾x，y，z坐標中添加並測試了n，6的s，p，d，f，g，h氫基軌道。

<強>要求：

• GTK +