Cell Electrophysiology Simulation Environment

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Cell Electrophysiology Simulation Environment
軟件詳細信息:
版本: 1.4.7
上傳日期: 2 Jun 15
開發: Sergey Missan
許可: 免費
人氣: 42

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細胞電生理仿真環境(CESE)是專門設計用於執行計算模擬電,例如一個全面的框架,心肌細胞電活動的模擬。
細胞電仿真環境為動作電位,從個人離子電流,並改變離子濃度模擬中有用。
CESE是一個跨平台的程序,它運行在具有Java運行時環境(JRE)1.4或更高版本的系統。它是在Windows,Linux,Solaris和MacOS X系統和AIX進行測試。
CESE用戶
CESE是用於進行計算模擬使用各種電模型的集成環境。
在此階段CESE允許創建和執行單細胞模型(同時含有霍奇金 - 赫胥黎(11H)和馬爾可夫電流製劑)的。心肌細胞與源代碼的電活動的模型,包括在CESE分佈。我們希望可以擴展模型的數量,並在將來添加某些神經元模型。
CESE的主要優勢在於它的均勻�一個程序接口保持不變為不同類型的模型。您可以模型之間輕鬆切換,比較模擬輸出。模型參數可以被修改,選擇用於輸出和/或夾在相同,標準方式。
CESE延伸的“電壓鉗”的常規電生理學意義。可以夾持幾乎任何模型變量,包括電壓(膜電位),全部或個別離子電流,離子濃度,溫度,門控變量等的夾緊命令可以是複雜的分段的功能,對於所關注的模型變量單獨設置。這將打開複雜的行為模式的探索無限的可能性。
CESE提供簡單,而有效的數據可視化。仿真結果可以呈現在圖形和表格的形式。地塊可定制,和感興趣的區域放大。
即使CESE不被設計為一個數據分析工具,可以產生電流 - 電壓的關係(I-VS)和計算該程序在給定的信號的統計參數。您可以將數據導出到ASCII,軸突文本文件(ATF),並創建NetCDF格式繼續分析,你最喜歡的包。
CESE開發商
CESE是從底層向上創建納入提供給Java開發人員的最佳編程實踐,無論是在用戶界面的一致性和代碼的清晰度和重用方面。只要有可能,CESE依靠現有的Java API(例如Java2D的,JavaBeans的,JAXP),以簡化代碼。
建立模型需要大量的內務管理功能進行編碼�這些包括ODE集成商,例程處理模型參數,保存/恢復模型的狀態,可視化仿真結果等CESE為您提供了實現這些例程,因此,你可以專注於寫作的具體離子電流(S)的代碼, CESE將處理其餘部分。
CESE是不是想創建自己的&#65533複雜的編程框架;相反,它利用核心的Java API。例如,型號是Java組件符合JavaBeans規範。我們使用XML來指定夾緊命令,以及Java對象序列化到保存/恢復模型參數。
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