新 生物信息學 為 Linux

STEPS是包在任意複雜的三維幾何精確的隨機模擬反應擴散系統。我們的堆芯模擬算法的Gillespie的SSA的實施方案，延長處理過的分子三維四面體網狀物的元素的擴散。雖然它主要開發用於模擬在樹突和周圍神經突觸的信號通路的詳細模型，它是一個普通的工具，可以用於研究任何生化途徑中的空間梯度和形態被認為發揮作用。我們已實現的步驟作為一組Python模塊，這意味著步驟的用戶可以使用Python腳本來控制建立模型，生成網格，控制模擬和產生和分析輸出的所有方面。核心計算例程仍實現為用於執行的最大速度的C / C...

NEO（神經合奏的對象），是一個項目，提供一套通用的基類神經的數據分析中使用，以獲得OpenElectrophy，NeuroTools或許其他項目有類似目標的更緊密的目的。兩個主要的目標已經確定，到目前為止：＆NBSP; *第一個里程碑是提供一種用於處理電生理（體內和/或模擬的）數據定義通用類名和概念。＆NBSP; *第二個里程碑是重新實現這些抽象類，因為這會滿足兩個項目的模塊。該項目背後的人來討論非常開放。任何反饋是很高興的歡迎和高度讚賞 要求： ...

OpenElectrophy是一個框架，以方便操作，存儲和電生理數據進行分析。它可以從許多不同的文件格式導入數據，並將它們存儲在單個SQL型數據庫。包括OpenELectrophy分析工具振盪檢測和穗檢測。進一步的分析必須被寫入但OpenElectrophy提供類和函數的庫，它的高度有利於在數據庫和其操作有用的數據的查詢。 。提供的腳本示例的完整列表，並且可以簡單地修改，以適應任何具體數據，需要 要求： ...

泥炭是一套用於捕獲，預測和分析蛋白質的生物物理特性的方案。見http://enzyme.ucd.ie/PEAT的文檔，說明，截圖等 要求： ...

挖洞輪車定位儀（BWA）是對齊針對長期參考序列比較短的鹼基序列，例如，人類基因組的高效程序。該軟件實現了兩個算法，BWA-短期和BWA-SW。前者作品查詢序列比200bp的短，達到約100kbp後者為更長的序列。兩種算法做跳空對齊。它們通常更精確和更快的具有低錯誤率的查詢。請參閱BWA手冊頁了解更多信息。 BWA是否對齊454讀取？＆NBSP;是的，沒有。 BWA的BWA-SW部分運作良好，在454讀取約200個基點以上。它實現了類似的對準精度來SSAHA2而快得多。...

SSuMMo是功能設計圍繞反复使用HMMER以序列分配到類群＆NBSP庫;結果在很大程度上註明樹顯示，社區內的物種/屬分佈。包含源代碼程序，包括工具： - - 建立隱馬爾可夫模型的層次數據庫 - dictify.py; - 分配序列公認的分類名稱 - SSUMMO.py; - 分析生物多樣性，採用辛普森，香農與其他方法 - rankAbundance.py; - 可視化結果帶有明顯的能力，很容易交叉對比數據集進化樹 - comparative_results.py -...

蝦虎魚是用蝦虎魚下一代數據管理框架創建用於讀取二進制數據文件的Python API。通常情況下，這個目錄當屬完整的蝦虎魚包的一部分，可從：＆NBSP; HTTP：//goby.campagnelab.org/完整的軟件包包括Java源代碼。如果從PyPI上或其他一些Python特定的源下載這個包，你可能已經收到的代碼只有Python的一部分。開發警告該蝦虎魚Python庫並不像成熟的Java實現。它可能是更不穩定的，並非意在提供一套完整的被發現在Java版本的功能。安裝：＆NBSP;...

PySCeS是由三重-J組的分子細胞生理學＆NBSP開發的項目;以盡量模型和理解複雜的流程和系統，從而彌補了活細胞 特點： 在一個基於文本的模型描述語言在結構分析模塊。在集成的實時仿真在非線性求解器穩態分析進行代謝控制分析模塊對於表現出多穩態系統的一個分支模塊在各種額外的參數掃描，數據輸出和打印utilites。在動態模塊加載框架。在SBML導入和導出功能。 要求： ...

Pysam是閱讀和操作Samfiles＆NBSP一個Python模塊;它是samtools C-API的輕量級封裝。快速入門指南是在這裡。更詳細的文檔可以在這裡找到。問題和意見都非常歡迎，並應發送給該用戶pysam組http://groups.google.com/group/pysam-user-groupWhat是新的本新聞稿中： 在samtools 0.1.8和TABIX支持 要求： ...

TRMiner是一個Python的工具，旨在科學數據策展人＆NBSP;它允許快速修剪科學出版物的大集合相關的一個給定的挖掘目標句子。這是在兩個步驟中實現的。首先，文本tranlated為標記相關的單詞序列。其次，正則表達式模式中搜索令牌序列。 。火柴被翻譯回自然語言的句子和作為提供基於HTML5的輸出，允許手動策展人進行排序，並為進一步的閱讀和信息提取率匹配 要求 ...