新 生物信息學 為 Linux

massXpert質譜包是線性的（生物）聚合物質譜環境。它繼承了GNU polyxmass的所有的創新，因為它是一個項目一個跨平台開發環境的端口 什麼在此版本中是新的： 的XpertMiner模塊的改進，使處理列表更容易; 計算一個大的聚合物與低分辨率...峰形不會在重心平均價值為中心。的同位素簇時，這似乎修正錯誤的計算由一個全光譜模擬功能，它允許一個來計算譜（任選地與所有的同位素簇）通過給定的聚合物的裂解得到的低聚物的列表的基礎上; 同上，但計算了一組從化學式啟動M / z比後;...

E-Cell系統是在計算機上虛擬構造單元的概念。E-Cell系統是一個面向對象的軟件套件進行建模，仿真和大型複雜的系統，如生物細胞，經高橋耕一架構，並通過編寫一個美妙的開發團隊分析。系統，E-Cell模擬環境版本3，核心部分允許具有不同時間尺度的共存受到多個算法許多組件。電子電池項目是一個國際研究項目旨在開發必要的理論支持，技術和軟件平台，允許精確的全細胞模擬。E-Cell系統由以下三個主要部分組成： - E-Cell模擬環境（或E-Cell SE） - E-Cell模擬環境（或E-CELL ME）...

AHREA是sofware套件，使得尋找相對表達學習者容易。它是用Python編寫的 要求： ...

AREM是一款基於MACS（基於模型分析的ChIP-SEQ數據）。高通量測序耦合到染色質免疫沉澱（芯片起）被廣泛用於表徵基因組範圍的轉錄因子，輔因子，染色質改性劑，和其它DNA結合蛋白結合模式。在芯片起數據分析的一個關鍵步驟是由映射高通量測序短讀取到參考基因組，並確定富含短讀取峰值區域。雖然有幾種方法已經被提出用於芯片起分析，大部分現有ACTUAL方法僅考慮讀取，可以唯一地放置在參照基因組，並因此具有低的功率，用於檢測峰值LO-重複序列內cated。在這裡，我們介紹一種概率進近的芯片起的數據分析，利用所有的...

CWC模擬器是一個C ++實現化學武器公約，一個微積分的代表性和模擬生物系統＆NBSP的;安裝成功後（請參閱安裝），你就可以運行模擬了CWC機型，如在一些實例（見例子/）。（命令行）界面作為一個普通的用戶，你應該運行：-i model.cwc-o -t -s -n -c --qt閾值-q -w 其中： - 是可執行文件的名稱（默認：SCWC）;＆NBSP; - model.cwc是輸入CWC程序（見例子）;＆NBSP; - 統計數據是輸出文件的前綴;＆NBSP; - ...

Syntainia是一個創新的應用為多個基因組的可視化及NBSP;它提供了一個簡單而直觀的用戶界面來查看和操縱基因組之間的關係。更清晰的基因的可視化，它是更容易為研究者以識別多個基因組中同線性保護。  Syntainia是一個桌面應用程序，它看起來不錯，在Windows，Linux和Mac OS X上運行流暢，而且也適用於任何其他操作系統與Java 6。 什麼是新的的此版本： ...

checkmyclones是一種軟件，它提供工具來檢查桑格測序結果＆NBSP;（或任何純文本或FASTQ文件）對一組參考序列，在任何合理的格式（包括坐標）提供 要求： ...

tigreBrowser是從蒂格雷 - [R包結果的基因表達模式瀏覽器（http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html）。安裝：tigreBrowser需要Python版本> = 2.5。...

picme是包含項目估算並繪製系統發育信息量用於大型數據集Python包。安裝目前，安裝程序最簡單的方法是：混帳混帳克隆：//github.com/faircloth-lab/picme.git /路徑/到/ picme運行測試：CD /路徑/到/ picme /蟒蛇測試/...

貘是一個Python的工具，它包含程序估算並繪製系統發育信息量用於大型數據集。引用貘當使用貘，請引用： - 公元前費爾克洛思，長安Ĵ，阿爾法羅ME：貘使系統發生信息量的高通量分析。 - 湯森JP：仿形系統發育信息量。系統生物學。 2007年，56：222-231。 - 池塘SLK，弗羅斯特SDW，繆斯SV：的HyPHY：假設使用系統發育測試。生物信息學2005，21：676-679。安裝目前，安裝程序最簡單的方法是：混帳混帳克隆：//github.com/faircloth-lab/tapir.git...