Adun

Adun 0.8.2

阿敦項目是一個可擴展的生物分子模擬程序,包括數據管理和分析能力。阿敦提供先進的算法和協議,可以從一個直觀的用戶界面,但也從一個更靈活的方案一級來訪問分子模擬。它是建立在阿敦框架,它是一個功能強大的庫,用於創建和操縱模擬。然而,它通過將用於分析和模擬的數據的管理工具藏漢作為提供機構,其允許容易擴展其能力超越只是進行模擬。在許多意義阿敦很簡單,就是可以將任何分子模擬工具,使得它幾乎是無限的增長潛力的結構。阿敦是一個新的可擴展的分子模擬程序,還包括數據管理和分析能力。以下是我們對1.0版本的軟件主要目標的概述。目...

AREM

AREM 1.0.1

AREM是一款基於MACS(基於模型分析的ChIP-SEQ數據)。高通量測序耦合到染色質免疫沉澱(芯片起)被廣泛用於表徵基因組範圍的轉錄因子,輔因子,染色質改性劑,和其它DNA結合蛋白結合模式。在芯片起數據分析的一個關鍵步驟是由映射高通量測序短讀取到參考基因組,並確定富含短讀取峰值區域。雖然有幾種方法已經被提出用於芯片起分析,大部分現有ACTUAL方法僅考慮讀取,可以唯一地放置在參照基因組,並因此具有低的功率,用於檢測峰值LO-重複序列內cated。在這裡,我們介紹一種概率進近的芯片起的數據分析,利用所有的...

生物信息學標杆體系是要建立一個合理的測試框架,測試和數據,以使最終用戶和廠商探討他們的系統的性能的一種嘗試。我們現在要做的是創建一個用於測試的框架,以及測試核心組都可以下載並使用探測系統性能的具體內容。此外,源頭上這些測試是根據GPL提供,並託管在Bioinformatics.org和可擴展的情報有限責任公司的想法是,以使最終用戶,消費者,系統開發商,和其他人輕鬆地構建和使用的測量和調整的原因有意義的測試。喬蘭德曼從可擴展的情報LLC構思的想法,並寫了原來的代碼。我們正在尋找更多的基準碼建議,測試,數據集等...

挖洞輪車定位儀(BWA)是對齊針對長期參考序列比較短的鹼基序列,例如,人類基因組的高效程序。該軟件實現了兩個算法,BWA-短期和BWA-SW。前者作品查詢序列比200bp的短,達到約100kbp後者為更長的序列。兩種算法做跳空對齊。它們通常更精確和更快的具有低錯誤率的查詢。請參閱BWA手冊頁了解更多信息。 BWA是否對齊454讀取? 是的,沒有。 BWA的BWA-SW部分運作良好,在454讀取約200個基點以上。它實現了類似的對準精度來SSAHA2而快得多。...

CaPSID

CaPSID 1.4.3

衣殼是一個全面的開源平台,它集成了高性能計算管道病原體序列識別 與表徵人類基因組和轉錄組以及一個可伸縮的結果數據庫,用於管理用戶友好的基於Web的軟件應用程序,查詢和可視化效果。入門您將需要MongoDB數據庫,一個Python 2.6+的安裝和Apache Tomcat 6+。欲了解更多詳情,請閱讀維基: 在修復:http://wiki.github.com/capsid/capsid/homeWhat在此版本中是新的沒有找到運行減法和調整時的錯誤消息在固定長時間運行的查詢更多的工作 ...