MetagenomeDB

MetagenomeDB是一個Python庫設計，易於存儲，檢索和宏基因組註釋和序列NBSP;。MetagenomeDB可作為對MongoDB數據庫之上的抽象層。它提供了一個API來創建和修改，並連接兩種類型的對象，即序列和集合：
＆NBSP; *序列（序列類）可以讀，重疊群，PCR克隆等。
＆NBSP; *集合（Collection類）代表的序列集;例如，讀取從樣品的測序所得，重疊群從一組讀出的PCR文庫組裝
任何對象都可以使用類似於字典的語法註解：
＃首先，我們導入庫
進口MetagenomeDB為MDB
＃然後，我們創建了兩個新的Sequence對象
＃（強制）的屬性，“名”和“序”
S = mdb.Sequence（{“名”：“我的序”，“序”：“ATGC”}）
＃對象現在可以註釋
打印S [“長度”]
S [“型”] =“讀”
＃一旦改性，對象需要被提交
＃對數據庫的修改，以保持
s.commit（）
型序列或集合的對象可以彼此連接，以表示各種宏基因組數據集。實例包括，但不限於：
＆NBSP; *採集讀取一個測序運行產生的（多個序列之間的關係對象，一個集合）
＆NBSP; *組從一組的組裝造成重疊群的讀取（兩個Collection對象之間的關係）
＆NBSP; *讀取是重疊群的一部分（多序列關係的對象和一個序列）
＆NBSP; *序列是類似於另一序列（二序列之間的關係的對象）
＆NBSP; *集合，是一個更大的集合的一部分（兩個Collection對象之間的關係）
其結果是序列和集合中的網絡，可以使用專用的方法來探討; IEG，Collection.list_sequences（），Sequence.list_collections（），Sequence.list_related_sequences（）。這些方法的每一個允許使用MongoDB的查詢語法複雜的過濾器：
＃列表類型“collection_of_reads”的所有集合
＃序列的“屬
集合= s.list_collections（{“類型”：“collection_of_reads”}）
＃列表也屬於這些集合所有序列
＃與至少50鹼基對的長度
對於C於類別：
＆NBSP;打印c.list_sequences（{“長度”：{“$ GT”：50}}）
MetagenomeDB還提供了一組命令行工具來導入核苷酸序列，蛋白質序列，BLAST和FASTA比對算法輸出，和ACE組件文件。還提供其他工具來添加或刪除多個對象，或註釋它們

要求：

• 在Python的