goby

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goby
軟件詳細信息:
版本: 2.0
上傳日期: 14 Apr 15
開發: Campagne Lab
許可: 免費
人氣: 17

Rating: nan/5 (Total Votes: 0)

蝦虎魚是用蝦虎魚下一代數據管理框架創建用於讀取二進制數據文件的Python API。
通常情況下,這個目錄當屬完整的蝦虎魚包的一部分,可從:
  HTTP://goby.campagnelab.org/
完整的軟件包包括Java源代碼。如果從PyPI上或其他一些Python特定的源下載這個包,你可能已經收到的代碼只有Python的一部分。
開發警告
該蝦虎魚Python庫並不像成熟的Java實現。它可能是更不穩定的,並非意在提供一套完整的被發現在Java版本的功能。
安裝:
  1。請確保您有Python的2.5或更高版本。如有疑問,請運行:
蟒蛇-V
  2。下載並安裝必備的Python包:
  1。協議緩衝器
 可從http://code.google.com/p/protobuf/或PyPI上
 
2. pyjavaproperties - Python的替代java.util.Properties
 可從http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
  3。安裝包蝦虎魚:
蟒蛇setup.py安裝
 這個步驟可能需要超級用戶權限。
用法:
提供示例腳本演示如何訪問的蝦虎魚的文件在Python中的內容。
  *這裡是如何掃描蝦虎魚線文件:
  GobyAlignmentStats.py基本名
(該文件basename.entries和basename.header必須退出。)
  *接下來的命令將打印校準文件為文本的內容:
GobyAlignmentToText.py基本名
  *接下來的命令將緊湊型轉換讀取文件FASTA格式:
GobyCompactToFasta.py file.compact,讀
  *下一個命令,將打印出一個緊湊的內容讀入的統計數據文件:
GobyReadsStats.py file.compact - 讀

要求

  • 在Python中

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